朱兆基最當打的幾年都在晨曦度過，其後在傑志找到第二春，甚至可說是球員生涯高峯，最終圓夢效力南華，踢到37歲完美掛靴。但原來朱兆基在30歲時差點心灰到掛靴，幸港鐵站偶遇朱志光，才有這個完美的球員生涯。
效力晨曦期間，朱兆基贏過很多冠軍，但感覺都要依賴外援，故在2009年，他效力晨曦七個球季後轉會，「想轉換環境、新風格。我覺得自己雖付出好多，但總覺得仍是依賴外援，我認為本土球員都好重要，所以想去其他球隊證明自己。」當時沙田新升班，任主教練的李偉文聯絡朱兆基，朱兆基二話不說就決定轉會到沙田。但好景不常，沙田在09/10球季於10隊中排第9，僅一季就重返乙組。當季沙田的華人班底相當不錯，除朱兆基和李偉文外，范俊業、沈國強、黃鎮宇及賴啟卓等都是港腳級，令朱兆基不禁問自己，「外援影響力真的那麼大？」
沙田那一季對朱兆基而言很震憾，加上當時已開始創業，心灰意冷下打算以30歲之齡掛靴，豈料在港鐵站遇到傑志總監朱志光，「他問我打算怎樣，我告訴他有掛靴念頭，怎料他反問我有否興趣踢傑志。」結果他們隔日再見面，傾談了15分鐘，朱兆基就加盟傑志，「本身我跟朱sir完全不同隊，完全沒瓜葛，加上所有球隊已埋班，我有認真想過退役，但整個轉會過程只用了三日，我第一天去練波，傑志球員亦有點驚訝，其實我當時連傑志有甚麼球員也不清楚。」。
技術型的朱兆基在傑志如魚得水，由掛靴邊緣到再創高峯，他效力傑志4季贏了3季聯賽，與林嘉緯和黃洋組成的中場線，踢法和分工的確有點像巴塞隆拿的恩尼斯達、沙維及布斯基斯，而且是全華人組成，「如果傑志早點帶這種踢法來香港就好。」傑志在2014年也踢過亞協盃4強，朱兆基當屆也是傑志亞協盃一員，但去到四強時已離隊，因為他想圓夢，但也令他留下遺憾。
原來朱兆基由出道起已想效力南華，「我小時候是南華球迷，偶像是山度士，我是學他踢波。」他在晨曦時有機會與偶像同隊，但仍想穿起南華會那件紅衫白袖球衣，結果在2014年出現機會，當時的南華主教練楊正光邀請朱兆基加盟，「所有事情都準備好，我已離開傑志，但最尾加盟失敗。」朱兆基因此首次退役，去甲組幫駿其爭升班。如果當時楊正光沒有找朱兆基，「我就留在傑志，未來如何我估不到。」
駿其升上港超，朱兆基以教練兼球員身份再戰港超，與梁志榮合作領軍贏盡口碑。不過，才開季不久，朱兆基向邀請他到駿其的朱偉霖表示離隊意願：「我跟他說過，半季左右就會離隊，那時我還未收到南華offer，怎料之後機會又來到。」朱兆基如願加盟南華，縱使當時南華死氣沉沉，但趕及在掛靴前圓夢。2017年足總盃決賽，南華雖然不敵傑志，但朱兆基成為最有價值球員，「圓了夢，在南華退役，穿南華球衣得獎，好開心。」