雖然科興的有效率「掹車邊」合格，數據又混亂，但也非一無是處，其副作用比例明顯較低。以疲倦、頭痛和發燒等疫苗常見副作用為例，科興在第三期試驗中僅有0.15%至34%人出現以上反應，又聲稱只有約0.3%人有敏感。但在第一/二期試驗期間，亦有一人注射後出現嚴重過敏並出現蕁麻疹。中國為約1,200萬人接種科興疫苗後，有44人面癱，兩人患上吉巴氏綜合症，即肌無力。
BNT和牛津的常見副作用比例則較科興高近一倍或以上，約有五至六成人注射後感疲倦和頭痛，約一成人發燒。兩種疫苗亦曾在試驗中出現過零星不良反應。0.3%人注射BNT疫苗後有淋巴結腫大。一人接種牛津疫苗後出現橫貫性脊髓炎，機率少於0.001%。兩種都有數人出現短期面癱。
展開大規模接種後，兩隻疫苗亦曾令少數人出現嚴重過敏反應。在美國約有0.0005%人接種BNT後出現過敏性休克，英國的牛津疫苗接種者亦有0.001%現過敏性休克，但兩者全部人都能完全康復。在接種BNT疫苗比例最高的以色列，當地衞生部指，只有約0.25%接種者因不適而需要求醫。而在英國，接種牛津疫苗後亦只有0.4%人向官方系統滙報有不良反應。
港大微生物學系臨床助理教授薛達認為，BNT疫苗至今數千萬人接種過後，暫時安全性表現「非常好」，未有聽聞令人擔心的消息。他指出，BNT本身有效率特別高，代表它對免疫系統的刺激力較強，較常出現副作用屬預期之內，但絕大部份副作用不算嚴重，一、兩天可回復正常。需要關注的是其嚴重過敏反應比率，確實比一般疫苗略高，應小心監察對食物或藥物容易敏感者接種後的反應，但並非不安全。
挪威早前通報了數十宗接種BNT疫苗後的死亡個案，涉及80歲以上居於療養院的長者。薛達指出，世衞了解事件後，認為與正常死亡率無異，疫苗仍然安全。
由於BNT疫苗對免疫系統有明顯刺激，而該批長者的長期病患已達晚期，「少少發炎、發燒，對佢哋嚟講已經係大件事」。薛達認為這類病人應避免接種BNT疫苗，「但係如果普通70幾、80歲嘅人，（只係）有少少高血壓、少少糖尿……我會叫佢哋一定要考慮打。」