近日主教山配水庫被發現是百年古蹟，引發大眾關注，更問起其名字由來。澳門也有一座「主教山」，正名為西望洋山，因為從前山頂有主教府，因而俗稱為主教山。但原來香港主教山沒有主教住過。
主教山又名窩仔山，有說窩仔山是以戰後木屋區之一的「窩仔村」來命名。至於主教山的名字由來則眾說紛紜，山上既沒有天主堂，亦沒有主教住過，唯一能考證的是山上曾經存在由基督教差會「巴色會」（崇真會前身）建立的「巴色樓」。
1905年，巴色會以巴色樓為辦事處。戰後內地禁教，巴色會開始撤出內地，亦於1951年開始撤出香港。及後巴色樓由深水埗崇真會承購，並在其土地上興建崇真英文書院及崇真小學校舍。至1982年，巴色樓因屋頂塌陷，而計劃改建成新會堂，1989年10月落成啟用。現址為崇真會深水埗堂及崇真小學暨幼稚園。
除了巴色樓的典故，亦有說該處被多間教會學校包圍，包括聖方濟各英文小學、崇真小學、匯基書院、宣道小學，而被俗稱為主教山。