去年的反修例運動牽動人心，慈善機構捲入風眼，包括無國界醫生被批評太遲去理大救援傷者，民間發起停止每月捐款。無國界醫生今年10月錄得月捐人數12.1萬人，較去年同期減少28.2%。換言之，一年間逾47,500人停止月捐。該團體今年首10個月推算籌得3.5億元，較去年同期少16.8%，整體捐款金額仍有待審視及核實。
無國界醫生現時的月捐制度設立不同捐款額，根據紙本宣傳單張，設立60元、100元和200元。網上月捐額設200、300和500元，公眾可自訂捐款額。若按照平均月捐100元推算，47,500人停止月捐，令無國界醫生一年最少損失5,700萬元。翻查無國界醫生的年報，2019年度捐款收入是5億元，停止月捐料減少一成收入。
本報在街上隨機訪問公眾意見，林先生說，上一次捐款是支持無國界醫生，會繼續支持該組織，「醫生都係無諗回報，去唔同國家幫人，我覺得呢個都係值得支持」。陳先生則認為，理解慈善機構首要幫助貧窮國家，但當香港出事，亦希望得到支援，停止月捐是一種表態，「我覺得大家係要做呢步。始終我捐錢畀你，你除去幫一啲未發展國家，好貧窮國家。但當我哋有需要時候，你都要去幫我哋，係咪先？」
無國界醫生回覆稱，全球經濟受創，在限聚令等抗疫措施下，籌款及公眾活動受影響，甚至被迫取消，包括每年一度的「救援在野」無國界醫生野外定向，對捐款收入造成一定影響。機構在疫情下在全球各地展開救援行動，今年1月底開始，在港為不同的弱勢社群提供健康教育對談和管理壓力與焦慮工作坊等，同時維持在超過70個國家及地區的恒常項目運作。
2019年至20年度香港紅十字會捐款下跌6.5%，同期香港樂施會捐款下跌18.3%。自疫症爆發後，籌款數據更差，香港樂施會稱，2020年4月至9月底數據（未經核數師審核），公眾捐款額比去年同期減少7.57%，僅餘8,559萬元，而月捐捐款額較去年同期減少6.73%。樂施會未有提供取消月捐人數，但引述統計指，25%取消捐款市民表示財務狀況出問題，包括在疫情下失業或收入大減，再沒能力供款。
九龍樂善堂、保良局的公眾捐款不跌反升。在記者抽查的慈善組織中，公眾捐款升幅最大是國際特赦組織香港分會，該組織去年屢發聲關注香港人權問題、警方非法使用武力等，2019年收入約584萬元，按年增加63%。不過，該機構2019年投放在「資源拓展經費」高達548萬元，較2018年166萬元大增2倍，佔機構總開支逾6成。而2019年人權教育開支則削減近3成，由224萬元跌至158萬元，只佔開支不足2成。最終機構仍入不敷支，淨虧損約283萬元。
國際特赦組織香港分會回覆，2019年初增撥資源拓展機構發展，包括重新啟動「人權直接對話行動」，於街頭向大眾講解世界各地不同的人權議題，推廣人權教育，同時介紹本會對人權的願景和使命，招募理念相同的支持者。去年部份實體活動需轉移至網上舉行，令人權教育開支減少。分會強調，即使人權教育實質支出減少，但推動本地人權教育，提升港人人權知識，一直是工作的主要重點。
經歷去年反修例運動，部份做人道支援的組織籌得款項大增，例如612人道支援基金截至10月底總籌款收入是1.7億元。另一個支援被捕人士組織星火同盟，則被警方指控「洗黑錢」，並凍結其銀行戶口7,000萬元。有慈善團體註冊的好鄰舍北區教會，近期亦被警方指控「洗黑錢」，銀行戶口被凍結，涉款約2,500萬元。