寶蓮禪寺過往捲入霸地爭議，包括佔用私人土地興建佛塔供奉歷代住持骨灰。到2015年地主鄧澤維堂反擊，由司理鄧如心代表入稟區域法院，控告寶蓮禪寺未經地主同意，在上述地段興建石屎路及五座寫有「寶蓮堂」三字的佛塔。時任寶蓮寺首座和尚釋健釗當時辯稱，佛塔早在1938年已存在。土地註冊資料顯示，寶蓮禪寺在2017年6月斥資238萬元向鄧如心購入相關地段。禪寺則回覆，有關大嶼山高原（昂坪）第17及18號地段的糾紛已告平息。
涉事地段是大嶼山高原地段17至18號，位於寶蓮禪寺大雄寶殿的後山。土地交易文件顯示，鄧如心在2016年11月諮詢離島民政專員李炳威賣地事宜，並在翌年3月獲批。2017年寶蓮禪寺以238萬元購入兩塊土地，買賣合約特別訂明是「必買必賣」合約，並取代過往雙方談判中的聲明、理解、承諾和協議。
除了佛塔涉及霸地，寶蓮禪寺安放骨灰的海會靈塔亦涉霸佔政府土地。根據短期租約原可准許517平方米土地作私人火葬場及骨灰龕用途，但寺方非法佔用毗鄰政府土地作骨灰龕用途。寶蓮禪寺海會靈塔是名人火化場，包括著名作家查良鏞（金庸）、國學大師饒宗頤等。
地政總署回覆，寶蓮禪寺共涉佔用695平方米（等於7,480平方呎）政府土地，當中553平方米涉及通往天壇大佛步階起點旁的政府土地，禪寺已向地政處提交規範化申請。至於海會靈塔佔用142平方米的政府土地，禪寺除已向離島地政處提交規範化申請，亦已向私營骨灰安置所事務辦事處提交營辦海會靈塔的申請。如私營骨灰安置所發牌委員會原則上同意該申請，地政總署會進一步諮詢相關政策局和部門的意見，繼續處理該規範化申請。