寶蓮禪寺的財務表現一度風光，2017年總資產高達15.3億元，當年投資獲利甚豐，投資公允價值（Fair Value）錄得盈餘8,633萬元，再加上股息收入1,900萬元。但2018年投資公允價值轉蝕6,752萬元，至2019年投資再錄虧損2,196萬元，兩年共蝕近9,000萬元。即使期間收取股息4,001萬元，「埋單」仍要蝕4,947萬元，禪寺總資產去年底跌至約14億元。
香港會計手足工會副主席劉卓軒指出，現行財務報表只披露寺方投資在香港市場為主，至於投資產品類型就毋須披露，「報表上客觀資料，其實你都可以話並不夠透明，你只係看到佢表面投資乜嘢市場，如果你好想知佢喺邊度蝕咗，你唔會知嘅。」
寶蓮禪寺回覆稱，為了達致更好和長遠的理財安排，寺方多年來都有以留本基金（Endowment fund）形式作低風險和保守的投資。隨着有價股票的估值上落，就會出現公允價值（Fair Value）的調整，都是留本基金投資的正常現象。
翻查寶蓮禪寺的財務報表，禪寺的總收入節節下降。由2015年1.47億元跌至2019年1.06億元，跌幅27.9%。當中以捐款跌幅最大，由2015年5,592萬元跌至去年2,104萬元；舉辦法事收入亦大減，由2015年2,846萬元跌至去年1,260萬元；齋菜及紀念品淨收入較穩定，去年淨利潤有4,305萬元。
收入減少，但開支就不斷增長，例如薪酬津貼開支由2015年2,825萬元，增至去年3,591萬元。同期維修開支由787萬元增至1,931萬元。記者早前到寶蓮禪寺觀察，萬佛寶殿底層仍有裝修工人施工，寺方早前宣佈，今年6月2日啟動天壇大佛維修工程，料維修開支壓力更大。