審計報告另一焦點在於港協暨奧委會管治不彰，有部份委員會甚至近三年從未開會，被質疑架構臃腫，形同虛設，港協秘書長王敏超解釋指現已整合組織架構。此外，他透露負責監督體育總會的小組陸續履新，冀未來能改善總會管治。
港協董事會本由29個委員會支援，然而審計報告揭發港協七個列明開會次數的委員會中，有六個開會次數不達標，總計所有委員會則有14個過去近3年未曾開會。港協代表於立法會解釋議程重叠，會考慮精簡架構。王敏超指現時已把委員會數目減至15個，邀請委員時會先清楚解釋出席率問題。
針對體育總會管治問題，民政局由本財政年度起，將連續5年向港協撥出每年500萬港元資助，用以成立「體育總會機構管治小組」，監督79個體育總會管治架構及運作，王敏超透露小組已開始運作，短期內先與不同總會溝通，他指部份總會管理層非管治出身，又受資源及人手所限，冀改善管治，爭取更多支持，「希望大家上軌道，政府就可以放心撥資源。」