百貨公司由有份推動日本明治維新後的現代發展，隨着90年代泡沫經濟爆破而大規模倒閉，可謂見證了日本的興衰。
百貨文化由歐洲傳入日本，日本首家是1904年發表「百貨公司宣言」、宣佈轉型的東京三越吳服店。吳服店即高級和服店，是日本一眾老字號百貨如高島屋、松坂屋的前身，他們改變了送貨到戶讓客人挑選、記賬付款等舊習，在日本開創現代最常見的零售模式如陳列貨品、即時付款等。
日本早期的百貨深受西方影響，相當前衞，如是日本首批設升降機的地方，亦是最早聘請女性員工的公司；之後日本亦發展出別樹一幟的百貨文化，電梯女郎、選址鐵路大站旁都是日本首創。
二戰期間，原走高檔路線的日本百貨，因政府禁止奢侈而失色，甚至淪為其海外殖民工具，如香港淪陷期間，德輔道中的連卡佛百貨被易名為松坂屋；戰後日本的百貨開始滲入更多平民元素，如設美食廣場、特賣場等。
日本的百貨自1960年代經濟起飛後進入黃金期，分店由集中在城市變成落戶各縣，設施亦新增了戲院、網球場、插花場地等，由主打物質消費改為推廣文化。1980年代泡沫經濟期間，西武百貨就以文案「美味生活」提倡生活不可停留在衣食住等基本，鼓勵多姿多采。當時受惠於龐大奢侈品市場的百貨，在泡沫爆破前的1991年，總銷量達9.7萬億日圓。但之後郊區甚至海外的日本百貨陷入倒閉潮，至今規模已不復當年。
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