特區政權選擇這時候高調否定三權分立，再次引起社會爭議。有人認為這是一場無謂爭拗，因無論特首如何定義香港憲制本質，也不能即時有甚麼實質改變。但若我們確認特區政權重塑香港憲制本質的公共論述，是有部署的政治行動，再與港版國安法的內容一起去解讀，就明白特區政權究竟想做甚麼及將會做甚麼。
港版國安法第9條規定，香港特區應當加強維護國家安全和防範恐怖活動的工作。對學校、社會團體、媒體、網絡等涉及國家安全的事宜，特區政府應當採取必要措施，加強宣傳、指導、監督和管理。第10條規定特區應當通過學校、社會團體、媒體、網絡等開展國家安全教育，提高居民的國家安全意識和守法意識。這兩項條文都把學校定為國家安全工作的一個重要範疇。
引爆三權分立這爭議，正是源自教育局建議中學通識科教科書要刪去三權分立的段落。林鄭月娥說，她很重視正本清源、撥亂反正，正確的說話就要有膽量說出來。楊潤雄進一步解說，社會對何謂三權分立未有共識，所以有關說法不適合用於教科書。鄭若驊在網誌談到這問題時，刻意把香港憲制說成只着重於三權之間的「各司其職、相輔相成」，隻字不提三權之間的關係是為了「制約限權」。
但事實並非各界對香港憲制是三權分立未有共識，而是特區政權為了配合中共政權的政治需要，硬要把香港憲制說成只是「行政主導」，要把三權分立清除。從《基本法》的起草歷史及各條文之間的關係看，香港憲制是一種混合體，既有三權分立的元素，亦有殖民地制度「行政主導」的元素。
特區政權這樣說，是為國家安全教育鋪路及定調。學生們所能學到的，必須配合維護國家安全的需要，任何會弱化國家安全的論述，都會被排除出正規課程外。維護國家安全在香港，既是由行政長官為核心的特區行政機關主力負責，故必須為其清除所有障礙。否定三權分立就是為此先製造理論及輿論基礎。
現在出版商在教育局的施壓下，已把三權分立清除出教科書。可以想像，在中學通識科及其他學科，需講論香港憲制本質時，教師即使設計校本的教材，也可能受辦學團體、校董會、校長及其他教師的壓力，不敢再提三權分立。
教育局這麼高調地把香港憲制定調為行政主導，已發出明確的警告，畫了紅線，令學校及教師們感到一旦逾越，在國安法的新時代，很可能會產生難以預見的後果，寒蟬效應已發生。在國安法的威嚇下，教師們甚至只能跟從官方論述，不得不向學生灌輸「行政主導」及「三權合作」的說法。
即使在大學，在討論香港憲制本質的議題時，教研人員們可能仍會提到三權分立，但也一定要同時提及特區政權那套論述。這就足以削弱權力須受制約的根本憲政信念。若連大學也捨棄或建立不起權力須受制約的信念及價值，特區政權以維護國家安全為名來實施專制統治，潛移默化下，將會變得容易得多。
在國安法的新時代，特區政權正履行中共交下來的硬任務，要從各方位去把香港的統治全面威權化。幾條戰線已開展，學校、法院、議會、媒體，都是建構公共價值的重要場地。香港多年來已凝聚成的公共價值是反專制及支持民主的，更在近年因多場社會運動而進一步強化。中共及特區政權現在是要挾國安法之威，要扭轉久攻不下的香港公共價值。因此，守護香港公共價值，是當前抗爭的最重要任務。
戴耀廷