李登輝提出「兩國論」後，與中共關係勢成水火。但原來在大學求學時期，這名台獨旗幟鮮明的前總統，曾加入中國共產黨，消息最早由香港左派月刊《廣角鏡》於1988年披露，文章提到李讀大學時，經介紹秘密加入共產黨，後對政治失去興趣而退黨。傳聞傳足20年，李2013年才首度默認年輕時當過共產黨黨員。
傳曾「兩進兩出」
已故台籍中共政協前常委吳克泰2004年曾爆料，李登輝1946年在他的引薦下加入共產黨，亦曾「兩進兩出」該黨，但李本人從未開金口回應。直至2013年6月，李首度默認年輕時曾加入共產黨，指在台大念書時曾組織學會，學會後來被共產黨吸收，但發現與自己理念不符，便決定離開。記者追問他：「你的意思是不是沒加入過共產黨？」李回應：「我沒有講這句話。我有加入一個組織，這個組織被共產黨所吸收；有這個事情，不能否認。」
他在著作《新．台灣的主張》寥寥數段提到是否曾加入共產黨：「我和共同經營二手書店的朋友，一起成立了政黨『新民主協會』……朋友之中，有一位是共產黨員，他弟弟也受到他的影響，加入了共產黨。有時大陸的共產黨會來聯繫，新民主協會就完全被共產黨吸收了。此時，我選擇與新民主協會斷絕一切關係。」著作內容未提他曾否入黨。