【巨人隕落】
李登輝主政台灣12年，且作為推動台灣政治轉型關鍵人物之一，最招北京忌恨的，是1995年他以總統身份訪問母校美國康奈爾大學，以及1999年推出「兩國論」；前者招致大陸在台海射導彈及軍演；後者導致中共出台《反分裂國家法》，授權軍方必要時武統台灣。中共對李登輝統戰破滅，斥之為「台獨分裂勢力總代表」。
於1988年1月13日，時任國民黨主席及中華民國總統的蔣經國逝世，李登輝以副總統身份繼任，成為首位台籍國民黨主席，也是中華民國史上第一次由台灣本土人任總統。李上台後持續推動修法，促進思想、言論、新聞和學術自由，並下令釋放在兩蔣時代遭軟禁的「政治犯」如張學良、孫立人等。
總統身份訪美 京射導彈抗議
由於李登輝是蔣經國生前欽定的接班人，加上李年輕時曾加入共產黨，李執政初期北京曾對他推動兩岸關係改善抱有厚望；豈料1995年5月，時任美國總統克林頓在國會壓力下，允李到美進行「非官方」訪問。同年6月10日李抵其母校康奈爾大學並發表演講。李是美國與中華民國斷交後首位訪美的在任元首，北京反應非常強烈，不但召回駐美大使抗議，還向基隆港56公里外的彭佳嶼公海海域射導彈，共發射6枚東風-15導彈，其中一顆失敗墜落福建地區；又分別在東引島、東山島舉行大規模登陸演習，陸海空三軍盡出。美國則派尼米茲號航母戰鬥群駛過台灣海域，以示撐台。
1996年台灣舉行首次總統直選，3月8日大陸又對台海射導彈，落點分別是基隆和高雄外海；台軍進入最高警戒狀態。美國則宣佈派兩個航母群進入台海，包括「獨立號」航母戰鬥群和「尼米茲號」航母戰鬥群；中共潛艇部隊也緊急全部出海抗衡，雙方劍拔弩張。這次台海危機的後果是，特別是美國介入、兩航母兵臨城下，成為催長中共軍力增長的因素。大陸隨即開始研發打航母的導彈（即東風-21D），同時向俄羅斯進口先進戰機和軍艦；10多年後，中國軍力大幅增強，遠超前於台灣國軍，更步步進逼美國。
兩度招台海危機
李登輝惹怒北京的第二件事，是1999年7月9日接受《德國之聲》專訪時，公開提出兩岸是「特殊國與國」關係，簡稱「兩國論」，輿論譁然；北京反應強烈，國台辦點名批李「與台獨分裂勢力主張沆瀣一氣」，認為李從「暗獨」走向「明獨」。北京同時宣佈停止大陸海協與台灣海基兩會交流對話機制。
伴隨着2000年台灣政治變天，陳水扁上台，執政的民進黨政府以兩國論作為基調，在台推行漸進式台獨，終於惹北京2005年3月14日通過一部針對台灣的《反分裂國家法》，即日實施。該法律明確提出在三種情況下可用「非和平方式達到國家統一」，等於授權解放軍可先斬後奏，對台武統。