作為女權人士的羅琳，就被指歧視跨性別人士的回應，牽扯上女權與跨性別平權兩個議題之間的衝突。雖然一般都受西方自由派支持，但兩者實有衝突，爭論源於不同人對生物學上性別（sex）與心理認同性別（gender）有不同演繹。
羅琳屬TERF派
認為「心理認同自己是女性的跨性別人士，並非生物學上女性」一派，擔心少數生物學上男性扮跨性別人士進入生物學上女性的受保護空間，如更衣室、監獄、性侵庇護所等，令生物學上女性不再受保護或失去政治身份群組。他們甚至相信，女性乃因生物學上性別、不是心理認同性別而受到壓迫，因此生物學上女性應自成獨立群組。這派有時會被貶稱為「排斥跨性別者的激進女權分子」（TERF）。羅琳就屬這派。
另一派、即認為「心理認同自己是女性的跨性別人士，未必不是生物學上女性」的，就推崇生物學上性別不止男女兩種、第三性可存在一說；決定生物學上性別的性徵也不止一種，如染色體、生殖器官等，有人所有性徵都屬同一性別，也有人不然。他們亦認為跨性別女性就如順性別女性，部份較有女人味，部份較中性。支持跨性別人士者屬此派。
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