台軍爆出重大疫情，成社會眾矢之的，人稱「館長」陳之漢質疑，敦睦艦隊結束海外行程返台後沒檢驗及隔離，就讓700多名軍人落船放假，到出現確診才召回檢疫：「甚麼時候軍人變成這樣隨便？請政府給個交代。」就連人稱「港湖女神」的民進黨立委高嘉瑜也批評，國防部防疫過程漫不經心及管理鬆散，要求追究國防部責任。
國防部被指管理鬆散
敦睦艦隊僅磐石艦爆疫情，康定及岳飛兩艦無確診個案，原因是磐石艦排水量大，空間寬廣，隨行的實習兵、儀仗隊等都住在磐石艦。加上該艦會舉辦邦誼酒會，友邦官員及僑胞都會上船參加活動，造成磐石艦官兵集中感染，國防部化學兵昨已登艦消毒。
針對外界質疑軍隊是權威式集中管理，向來有透明度不足問題，有可能影響敦睦艦隊疫情調查，陳時中表示擔心有「誠實疫調」困難，高嘉瑜在facebook發文，她本月初曾就國防部軍紀及口罩等問題請教國防部，未料這幾天爆出台軍口罩問題及磐石艦24人確診，更令人質疑國防部防疫及管理問題，甚至可能隱瞞疫情，要求全面檢討現行國防部防疫工作。針對外界質疑海軍從境外回來沒隔離，官方解釋，磐石艦3月12至15日停靠帛琉，之後在海上航行，於本月9日返台港口，並多留六日，達30日規定才下船。
此外，台灣國防部智庫、國防安全研究院資源與產業研究所長蘇紫雲表示，軍艦生活空間狹小、共用衞浴、內部艙間樓梯陡峭上下勢必碰觸扶手，都使軍艦面對傳染病遭遇較大挑戰。
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