武漢肺炎最初在售賣野味的市場一帶爆發，令人回想起源自蝙蝠的沙士病毒。近兩個月的研究結果顯示，蝙蝠同樣很可能是武肺病毒的宿主，但確實源頭和直接傳到人類的中間宿主仍待查明。
2月刊登在《自然》的研究顯示，武肺病毒的基因排序與來自雲南中菊頭蝠身上發現的冠狀病毒RaTG13相似度高達96.2%，是暫時最相近的品種，與來自其他蝙蝠的類沙士冠狀病毒的相似度亦有78.8%至88.1%，顯示武肺病毒很可能來自蝙蝠。但另一方面，中國科學家刊登在《刺針》的報告指出，由於武漢爆發疫症時正值蝙蝠冬眠的季節，而且華南海鮮市場所售賣的野味種類中並沒有蝙蝠，人類和蝙蝠中間很可能存在一中間宿主。
穿山甲刺突蛋白似武肺
早前曾有中國研究指，蛇很可能擔當此角色，但隨即引起各國專家反對，並指相關研究存有缺陷。另一份刊登在《醫學病毒學期刊》的研究則發現，雖然穿山甲的冠狀病毒與武肺病毒的基因排序的相似度不及中菊頭蝠，但其刺突蛋白的「受體連結結構」（RBD）卻比中菊頭蝠更似武漢病毒。RBD好比鑰匙上的「坑紋」，是決定刺突蛋白可與甚麼受體連接，病毒可以傳染甚麼細胞的最重要部份，因而推論穿山甲有可能就是傳染給人類的中間宿主。但中國《國家科學評論》的分析認為，穿山甲的冠狀病毒與武肺病毒出現相似的受體連結結構，很可能只是在各自的進化過程中巧合形成，兩者未必相關，病毒中間宿主仍然未明。
武漢肺炎的最初爆發點亦有值得商榷之處。官方對外公佈的資料顯示，武漢肺炎最早病例在去年12月8日病發。但根據《新英格蘭醫學雜誌》的武漢肺炎早期傳播研究，12月8日和10日病發的最早兩個案例均沒有到過華南海鮮市場或相關歷史。由金銀潭醫院的研究員撰寫的《刺針》文章，更將最早案例再推前到12月1日，同樣沒有到過華南海鮮市場。
但袁國勇表示，現時的證據仍然明顯指向病毒來源為華南海鮮市場的野味，因為早期案例均主要分佈在市場周邊，以上報告的最早案例很可能並非首個受感染的「零號病人」。但由於市場被關閉前，場內的動物已被清走，並沒有作進一步化驗，袁相信中間宿主將難以追尋。
武漢肺炎由中國蔓延全球，中共近期多次想為自己洗白，模糊病毒來源。袁國勇認為，再爭拗「病毒源頭」已沒有意義，「蝙蝠周圍飛，飛幾百到幾千里遠，你點會講得到？……但疫症爆發（起點）一定係武漢。問題係點解會喺武漢發起先？」
袁國勇表示，2003年珠三角爆發沙士，2013年上海長三角爆發H7N9流感後，他周不時猜測下一個中國大型疫症的發生地點，「原本以為黃河流域北京、天津一帶」，但最終竟發生在中間的武漢，「睇返轉頭，係好reasonable」。他解釋，武漢是中國重要的交通樞紐，是轉機、高鐵以至水運的中心，經濟超高速發展，「有錢自然想長命，食多好多嘢，新發傳染病就梗係會發生」。講到尾，善忘的人類才是瘟疫的罪魁禍首，「係咁㗎，人係好短視，好快忘記痛苦。03年已經叫咗你唔好食野生動物㗎啦」。