黃秋生和太太吳惠貞於1992年結婚，育有兩子黃睿名和黃煜政。去年秋生爆出早年出軌撻着岑建勳外甥女Joyce，生下兒子William。秋生直言因工作而錯過兒子成長：「佢哋唔使老竇陪，我咁鬼惡，佢哋需要我時喺度就得，父親係……背影嚟，睇阿爸面目太清楚冇用㗎。」秋生自言給兒子很大自由度：「生佢出嚟，唔通屬於你咩？」
三子中誰最似秋生？他說：「個個都有啲，大仔似𠵱家嘅我好冷靜，鍾意煮餸，好主觀，巴之閉做大佬，情緒脾氣大，佢心地好，好肯幫人。二仔就似我儍，輕信人，好天真，佢仲係好模糊，冇方向感，唔知自己想點，我唔會導航佢，要佢自己搵方向。細仔William好gentle，呢樣我唔及佢，佢斯文到英國佬咁，有探索精神，鍾意大自然，一個人周圍走，獨自去冰天雪地過幾日。」秋生說自己不是一個好爸爸：「我只係一個好人啫，都係做仔好，唔使煩，乜都阿媽搞晒，發脾氣又得，點都得，我都無恥咗一世。」
