一九五三年穆旦從芝加哥大學途經香港回到中國，在南開大學外文系當副教授，五八年因詩作被打成「歷史反革命」，調到圖書館當編目員，六八年無產階級文化大革命期間，南開大學革命委員會，接到一封來自山西大同水泥廠中學革命委員會的檢舉信，信紙上端題有最高指示「互通情報。調查就是解決問題」──這是毛澤東六一年發表的一篇寫於二七年秋收起義後的舊文的一句據說很有名的話。檢舉信寫道：「你處圖書館有一位職工叫查良錚的嗎？這個人是我校查良銳的堂兄。根據查良銳的交代，查良錚是美國派遣特務……」互通情報的檢舉信接着列舉出罪證：查良錚查良銳彼此都知道對方是特務，從日偽、國民黨時期就是，堂兄堂弟秘密通信，由任職新華書店的穆旦妹良鈴轉交，「搞了一個反革命組織」，收集國家生產建設的數字情報，從五四年起就「猖狂活動」。
後來我也去調查一下這個堂弟查良銳，文革來的時候，他因為家庭社會關係問題，調到大同水泥廠中學當教師，八十年代才調回北京任地安門中學副校長。他後來說過一生的遺憾只是沒有上藝術學校，隱瞞不提檢舉穆旦是美國特務一事。
比穆旦小九歲的妹妹良鈴曾回憶小時候住在天津老宅的往事。那時候每逢寒暑假，穆旦和妹妹、堂弟良銳都住在一個大宅院裏，一起讀書背書，穆旦常給他們講《三國演義》《水滸傳》《西遊記》的故事。
收到檢舉信後，革命委員會用印有最高指示「革命戰爭是群眾的戰爭，只有動員群眾才能進行戰爭，只有依靠群眾才能進行戰爭」的表格，讓校內認識穆旦的人寫揭發信。南開經濟系錢榮堃洋洋灑灑揭發了穆旦和巫寧坤種種反革命陰謀活動，其中一項是穆旦在家裏搞翻譯，另一項是被打成歷史反革命後還不老老實實。經濟系的魏壎、來自北京無綫電工業學校的周有斐，依《坦白從寬抗拒從嚴》最高指示都寫了居心叵測的揭發信……。幸好在一片喊殺聲中，在那個人心陰險匕首雄現的瘋狂年代，我還是看到一絲人性的希望，駐北大毛澤東思想宣傳隊逼李賦寧寫的揭發信是這樣的：「四二年我在昆明西南聯大教書時，外語系有一個同事名叫查良錚，是西南聯大外語系助教。當時西南聯大外語系有一個教授名叫吳宓。吳宓認識杜聿明，就把查介紹給杜作英文翻譯。查隨杜的軍隊到緬甸，後來到印度。這些情況我在昆明聽西南聯大同事說過。查在天津南開工作。吳宓在重慶北碚西南師範學院任教授。」信末署六八年七月二十一日李賦寧揭發。李賦寧，清華、耶魯畢業，曾任教西南聯大、清華、北大，著名的西方文學家和翻譯家。