大多數學者談光緒之死，莫不指跟慈禧太后有關，甚而說是慈禧下的毒手，果然其乎？太后不喜光緒，人人皆知，尤其戊戌政變後，母子正式破臉，帝被囚瀛台，不見天日。起初嘛，慈禧確有加害光緒之心，二十四年曾遣人以玻璃粉撒於粥裏，賜給光緒，福大命大，居然不死。翌年又欲立載漪之子溥雋為大阿哥，洋人反對，慈禧不敢妄動。後庚子拳匪之亂起，四奔出外，身歷險境，不由說出「不意為皇帝所笑」的晦氣說話來，雖仍囚光緒，已淡去置諸死地之念，竟在病重時，痛下殺手，不能不教人有所懷疑。溥儀在他的《我的前半生》裏說過「光緒非慈禧所殺，係袁世凱所殺。」所言較接近事實，卻未作具體說明。真相如何？不妨根據手邊資料，略作推斷。前文有述，康有為稱「帝毒弒於袁世凱之手」， 此說跟溥儀皇所言不謀而合。讀過清史的人都知道戊戌維新，光緒一派乞請袁世凱臂助。袁老奸巨猾，表面應承，內心盤算，衡量兩派實力，維新派實不如保守派，遂密告於慈禧以自保，促使光緒被囚、珍妃投井。一片離魂，夕陽遙夢成煙，光緒悲慟欲絕。若然慈禧先死，光緒龍返，其處境之危，不言而喻，因此不得不先殺光緒。
除了袁世凱，另有一人也是嚇得半死，便是李蓮英，跟光緒本無大仇，卻是親手推珍妃落井之人，光緒豈會不恨他入骨？一旦復起，自無倖免，且會禍及家奴，九族皆誅。於是有了袁的同樣想法：「光緒必須先死於慈禧。」可要殺光緒，哪有這麼容易？袁世凱想到心爛肺枯，仍無良計，直急如鑊上螞蚱。就在這時候，身邊謀士設籌了一策。袁世凱一聽，心頭大石登的落地。獻計者乃「楊門八虎」中人稱五爺的楊士琦。楊氏兄弟八人，即士燮、士驤、士晟，士普、士琦、士鈞、士驄、士銓、一家都跟袁世凱過從甚密，老二士驤出任北洋大臣兼直隸總督，便是袁力保。楊五爺官不過四品，卻是深層多計。高拜石先生說他「 外表沉默寡言，內裏縱橫奇詭，陰險異常，狡詐百出。」端是一個口蜜腹劍的人，袁視為心腹，常密議大事。楊士琦早看透光緒不死，袁世凱難保地位，禍起蕭牆，自己一家亦會有殺身之劫，因此力主光緒絕不能後慈禧而死。如何殺光緒？楊士琦經過一番苦思，終得一計。他認識一位京城洋醫生，手上有一種毒藥（現經證實是砷），無色無味，卻是毒性奇烈，被毒者，入口不難過，死後絕無顯著痕跡，不像砒霜，吃了七竅流血，教人一看就知端倪，於是花一筆銀子，從洋醫生手上買了下來。有了藥，誰去投？想來想去，最好人選便是李蓮英，只有他能走近光緒身邊。
李初時推搪，楊嚇他道：「李公公：你不在這時下手，過了兩天太后去了，嘿嘿……有幾個腦袋？」一言驚醒李蓮英，於是鐵了心，遵五爺囑咐，拿了毒藥，照份量，把藥分了三次，放進送去瀛台的湯水裏。兩三天工夫，就把短命的光緒弄得神衰面黑，氣竭身瘦，弱不禁風，於是「吐血腹痛」、「瞪目指口」，太醫們不懂西藥，遂以為是「肝風動」，或「意欲得食」，只有西醫屈桂庭懷疑驟然腹痛可怪，怕事，不敢明言。未幾，毒發，龍馭升天矣。相隔一個晚上，翌日慈禧也就病篤賓天。李蓮英膽怯，怕帝屍露惡相，趁隆裕太后奔喪去時，匆匆將光緒成殮。因此光緒之死，主謀實為袁世凱，獻計者便是楊士琦，而由李蓮英親手下的毒。慈禧不幸背了百年黑鑊，至此也該廓清了吧！清朝遺老王國維悼清亡詩云：「鷺飛今作客，龍亢昔乖乾。」哀帝早去，神龍無蹤。敢問：國已腐，有何可悲？
附記：此文屬個人推測，並非定論。