中文大學三間創校書院，以成立年份排列，就是新亞1949，崇基1951，聯合1956，皆由逃港難民學者因反共抗共或恐共而南來創辦，這批學者不願到台灣跟隨國民黨而選擇不承認他們學歷的香港，不怕語言不通，艱苦奮鬥，恐怕是心裏對蔣介石和國民政府深深失望之故。這批學者之中，今天香港人還是對新亞的一派比較熟悉，原因主要是錢穆、唐君毅等名氣較大，另外可能錢先生是歷史名師之故，新亞書院的早期歷史透過不同的講演、紀述、回憶錄等留下不少文字紀錄，相較之下，記載崇基和聯合的流行書籍好像並不多見。
因資料齊備之故，嶺南大學歷史系助理教授周愛靈女士讀書時便以新亞為研究題目，寫成博士論文，於2010年修訂出版，名為「花果飄零──冷戰時期殖民地的新亞書院」，書中對新亞初創時期的歷史，從翻查不同歷史檔案得到的資料，對照新亞創辦先賢的文稿，翔實地重現新亞早期倚賴蔣介石總統府的捐贈，透過雅禮協會得到的亞洲基金會、福特基金會、哈佛燕京學社的資助，才能渡過財政難關和興建農圃道校舍。這些美國資金來源，與當年資助友聯書局機構的美金，「如有雷同，實屬巧合」；友聯旗下的刊物中國學生周報、大學生活、兒童樂園，影響力遍及全港小學、中學、大學生，陶傑至左丁山一代，無不在影響範圍之內，友聯刊物初期至後期的重要編輯，如余英時、陳特、陸離、張浚華等，皆是新亞校友。
新亞初以十月十日為校慶日，得港英承認資格後，仍堅持在十月十日掛上青天白日旗，據「花果飄零」一書描述，教育司高詩雅不斷向新亞施壓，要求取消升旗，及至中大成立後，壓力更增，錢穆以歷史洞見，知道新亞加入中大，完全是為了學生的出路，他的創校理想必然「被妥協」，於是決定引退，離港赴台，但老早安排了台灣的吳俊升博士來港任接班人，因吳博士曾任中華民國教育部次長，香港教育司用盡辦法反對阻撓，於此可見港英對新亞的反共親蔣的意向是處處防範的，對崇基由教會主導和聯合（政府人士主政）則甚為放心。中大成立後，壓力日益加強，新亞卒於1969年十月十日由張丕介先生主持最後一次升旗禮。之後對中華民國的關係與情懷，逐漸淡出，1997年香港回歸中華人民共和國，中華民國在李登輝舞弄下，逐漸去中國化，民國雖存，實則已由台獨分子把持。新亞書院既是中文大學一部份，斷無可能不跟隨大勢，掛上五星紅旗，即使錢唐張三位先賢復生，亦無力挽回。