開刀用的手術器械，不能帶有任何細菌或病毒，使用前要經過極嚴謹的滅菌程序。滅菌程序（sterilization)的要求，比一般消毒（disinfection）高一個檔次，是要殺滅一切細菌（bacteria）、病毒（virus）及未發芽的細菌孢子（spores）。未發芽的孢子有厚厚的保護層，較難殺滅。破傷風、壞疽病及炭疽病等皆可藉這個方法傳播。手術室裏最常用的滅菌方法是加了壓的蒸氣；把洗淨、包好的儀器放入鍋爐，加上壓力，利用蒸氣釋出熱能殺菌。加了壓力的蒸氣可達高溫，在121℃15分鐘就能把細菌、病毒和孢子一舉殺滅。手術包的封條是特別設計的，平常是淺黃色，經高溫之後會呈現深棕色的間條。這樣，手術人員打開儀器包時就知道儀器已經過滅菌的程序，可以安心使用。
用以檢查胃及大腸的內窺鏡，不耐高溫，放入高壓消毒爐一焗，窺鏡塑料的部份就會溶化，價值十多萬元的內窺鏡立刻報廢。用完後的內窺鏡，清潔後要用指定的消毒藥水浸泡，以達到殺菌的效果。內窺鏡的殺菌要求，比手術用的刀剪儀器稍低一個層次，是high level disinfection 而不是sterilisation ，即是能盡滅細菌和病毒已足夠。畢竟，腸腔本身含有大量細菌，而且和體內的組織還有一層粘膜阻隔。
傳播瘋牛症的朊毒體（prion），不是細菌，也不是病毒，不含核酸，只是變了形的蛋白質。它的生命力極是頑強，加壓的熱蒸汽或強力消毒液都未能將它殺滅。懷疑瘋牛病患者要動手術，該盡量採用一次性用完即棄的儀器，手術後付諸一炬，不再重複使用。
鍾尚志教授
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