殺害金正男的主謀及動機有待查明。南韓媒體指出，事件很可能與金氏兄弟的金錢糾紛有關，因金正男繼承已故領袖金正日及姑丈張成澤相當可觀的遺產，金正恩於是下手殺掉他。
《韓國時報》指出，金正男在繼承人之爭落敗後，失勢流亡海外多年。金正日由於憐惜兒子，留下了一筆「為數不少」的財產給他。此外，張成澤生前在海外有一批秘密基金，在他2013年被肅清後，控制權就落在金正男手上。
北韓商人掌金正男行蹤
金正男一直將這筆資產存放在澳門的銀行中。有分析指出，金正恩對這筆款項十分猜忌，加上面對國際制裁及經濟危機，國內財政拮据，曾要求金正男將錢「歸還」，惟後者不從，於是動了殺機。南韓智庫世宗研究所研究員洪鉉一亦指，金正男在中國期間處理武器交易及管理一個基金，因此金錢糾紛至少是殺人動機之一。
南韓傳媒指，南韓情報部門正追查北韓駐大馬商人韓勳日，懷疑他掌握金正男行蹤，促成暗殺任務。南韓統一院指消息有待核實。
南韓《韓國時報》