卡斯特羅自小就領洗成為天主教徒，並接受耶穌會學校教育，惟他揚言「我從來都不是信徒」，上台後更打壓國內天主教機構，於1962年遭教宗若望二十三世給予絕罰，逐出教會。
但步入晚年，他對宗教的態度明顯軟化，1992年同意放寬限制，甚至容許天主教徒加入古巴共產黨。他開始將古巴形容為「世俗」國家而非「無神論」國家。
1998年更有突破性發展，不只有若望保祿二世作為首位教宗訪問古巴，同年古巴當局還自1969年以來，正式重新將聖誕節列為公眾假期，並讓民眾公開慶祝；5年後，位於夏灣拿舊城區的一座天主教修道院重開。
他2009年在自傳中指，基督信仰「有非常人道的規律」，給予這個世界「道德價值」及「社會公義感」，「若人們稱我是基督徒，不是以宗教觀點，而是以社會觀點來看的話，我會自稱為基督徒」。去年他跟教宗方濟各會面。
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