今屆奧運破天荒出現首支難民代表隊，他們排尾二出場時掌聲如雷，今屆難民隊10名隊員中有5名是來自肯亞卡庫馬難民營，包括持旗手Rose Lokonyen。主辦國巴西則壓軸登場。
其後國際奧委會主席巴赫等嘉賓致辭，巴西代總統特默宣佈奧運開幕。在開幕禮的尾聲，運動員、裁判及教練代表宣誓，最後聖火入場。三屆法網冠軍的巴西名宿古爾頓持火炬入場，他將火炬交予女籃運動員賀丹絲雅，後者再交到長跑名將利馬手上，點燃聖火盆。利馬曾經在2004年雅典奧運贏得馬拉松銅牌。
比利缺席 利馬點聖火
盛傳負責最後一棒的「球王」比利，在開幕禮前數小時發聲明以健康理由缺席：「我的身體狀況將不容許我出席奧運開幕禮，作為巴西人，我向上帝祝禱，希望祂眷顧每一位參加奧運的人。」
場外單車男遭射殺
記者在開幕禮結束後，凌晨時分在會場外候車區等待大會專車回傳媒村，卻發現秩序大亂，大批背着大袋細袋器材的記者你推我撞，一有大會專車就一擁而上，個個像逃離現場的難民。場館外亦有很多示威者，表達對政府不滿。
另外，據英國廣播公司報道，開幕禮結束後數小時，採訪隊準備返回採訪車期間，目睹一名踏單車的男子，在一間教堂前遭兩名騎電單車的槍手射殺，伏屍馬路，地點僅在場館保安範圍不遠處。