踏入千禧年後，港甲先後有香雪製藥、日之泉、南城地產、聯華紅牛及謝菲聯等國內球會來港參戰（見附表），但他們多以國內年輕球員作為主力，實力不算強，亦試過比賽期間打鬥，甚至有個別球隊只安排12名球員作賽而遭足總警告。
因參賽隊數減少，足總在2001/02球季接納香雪製藥來港參賽，但該屆港甲仍只得七隊參賽；到03/04球季，日之泉與南城地產以競賽會員身份來港，聯同香雪有破紀錄共三支國內球隊參賽。香雪製藥、日之泉及謝菲聯屬中甲球會的二隊及青年軍，實力一般，在港甲多數位列中下游；其中在2008/09球季，謝菲聯只安排12名球員來港比賽，結果慘吞天水圍飛馬六蛋，事後遭足總警告。
國內與本地球會交鋒亦曾發生嚴重打鬥事件，2003/04球季，南城地產在東莞主場對澎馬流浪一役，出現雙方數十名職球員在場內打鬥長達八分鐘，其間無公安制止；賽事被逼腰斬之餘，流浪後衞陳偉豪亦因參與打鬥被罰停賽12場。
記者：曾雁平