【爭議不斷】
作為佛門清靜地，慈山寺興建以來爭議不斷。2008年除獲政府以每呎140元超筍價批地外，地契亦沒有規定寺方必須向公眾開放。承包該寺建築工程的長和「御用」承建商俊和建築，2013年入稟追討逾3億元工程費用，揭露慈山寺內設有防彈、防爆高設防私人禪修室；寺內用料也極其刁鑽奢華。
曾被指為李氏私人陵園
慈山寺由擔保公司「香海正覺蓮社2003有限公司」持有，李嘉誠則透過私人公司「慈山寺有限公司」在背後操控。該寺背靠八仙嶺，面向船灣海，位處被玄學家形容為「海螺吐肉」的風水名穴。由於地契沒有規定該寺需向公眾開放，更有條款註明地政總署總監擁酌情權，批准寺內存放骨灰龕或神主牌，曾被質疑會否是李嘉誠的「私人佛堂」、甚至用作李氏的「私人陵園」，慈山寺後來發聲明嚴正否認。
該寺的承建商俊和建築早前亦曾入稟追討工程費用，建築圖則也正式流出，揭露寺內設有一座高設防私人禪修室，整個範圍以圍牆及電網包圍，門窗裝上防彈玻璃；屋內更有3間安全房，天花板、地板及四面牆均鑲上20毫米厚鋼板具備防爆功能。由於禪修室的保安設施媲美李嘉誠位於深水灣道的高設防大宅，被外界質疑是李氏專用的禪修室。寺內其他地方例如殿堂地板，則用全球只得瑞典Offerdal礦場獨有的Flammet Stone；屋頂瓦片則指定要負責志蓮淨苑工程的日本丸榮陶業株式會社訂做，由日本技術人員親到香港監督安裝過程。寺內的木製柱身也以非洲紫檀木所建，所有用料極其奢華。
■記者梁御和