說起馮友蘭與錢鍾書的關係，一直是人們關注的話題。馮是錢在清華讀書時的師長，對錢的才華非常欣賞。錢自歐洲留學歸來，據吳宓1937年6月28日記，馮訪吳宓，說擬將來聘錢鍾書為外國語文系主任云。馮1937年7月25日致函校長梅貽琦要「不拘一格降人才」，力主聘請錢鍾書為外國語文系教授。因而1938年11月25日清華聘任委員會直接聘任錢鍾書為教授。而吳宓1940年9月12日記，馮對吳宓說，清華外文系應聘錢鍾書歸而主持，以打破系主任陳福田碌碌無為的局面。這都是馮對錢的知遇與器重。
而1979年春錢鍾書參加社科代表團訪美。5月10日錢被邀到史丹福大學亞洲語文系進行了一個座談，據在那裏任教的莊因報導：「座談會中也提到了哲學家馮友蘭，錢鍾書把馮友蘭罵了一頓。他說，馮友蘭簡直沒有文人的骨氣，也沒有一點知識份子的節操觀念。又說，馮友蘭不應該出賣朋友，在座有人問馮友蘭究竟出賣了那些朋友？錢鍾書卻不願指出姓名。」莊因後來又補充說錢指責：「馮友蘭捏造事實，坑人妻子俱死。馮現在在北大人人嗤之以鼻，人緣掃地，錢氏用英文說：Feng's name is now stinking in Peking University，情緒頗為激動。」
而錢鍾書所說的馮友蘭出賣朋友的事，在馮婿所編的《馮友蘭先生年譜長編》有記載，其中這樣說：「1975年10月24日，北京大學黨委常委會決定為中文系章廷謙平反。1969年『清理階級隊伍』時，先生被迫交代各種關係，將章廷謙曾是普通國民黨員誤記為國民黨西南聯大區分部委員，與其他人的旁證一起被軍宣隊利用，將章廷謙定為歷史反革命分子。先生甚歉。」下面注釋又說「詳見嚴家炎〈川島「文革」中遭迫害一案真相〉……章廷謙之子章式1967年12月於兩派鬥爭中在昌平自殺。章廷謙夫人於1967年12月因受此事刺激中風，1990年逝世。）而嚴家炎此文發表於2003年，其以親歷者的身份說當時是軍宣隊羅織罪名，所依據馮的證言其實是馮誤記。馮1974年11月18日寫的材料裏說是自己的記憶錯了。文章最後說：「所謂馮友蘭的揭發『導致了川島被迫害致死』，或另有人謂『害死（其）妻子』，顯然均屬傳聞，絕非余杰所謂的『確是事實』」。嚴這篇文章可以看作馮家對此事的公開辯解。名為反駁余杰的文章，其實是針對錢鍾書。
而錢鍾書傳記作者湯晏對此評論說：「現在作傳的人說錢忘恩負義，其實這是兩回事，個人交誼是一回事，一個人口是心非又是另外一回事，切不可混為一談。」此論公允，不能因私廢公，這也是知識分子的操守。而汪榮祖在《槐聚心史》裏又提供了一個後續情況：「錢先生也視馮友蘭為恩師，但也不諱言道不同，莊因只說對一半的話，引起馮鍾璞的興師問罪，當時錢先生躺在醫院裏，不忍告訴他，只好由楊先生面對干擾。」