新課綱裏對台灣的矮化和向對岸的靠攏，引起了台灣民眾警惕。大陸方面則支持課程改動，稱之為「撥亂反正」，只是一些修改內容遭誤傳誤信，引起「不明真相」的人聚集反對課改。
「教科書豈能把『台獨』當作天然成份灌輸給下一代？」大陸網上昨廣傳《鳳凰網》聚焦報道，稱李登輝和陳水扁時代的的課綱是「台獨共和國」教科書，馬英九治下的改革只是稍稍修正了「反人類文明的東西」，又指對課綱微調的反對其實是對「中國」的反對：「可以說是『逢中必反』！為了『反中』，需要凸顯台灣與外界的聯繫，為此不惜美化殖民者的形象。簡直滑天下之大稽。」
北京《環球網》報道稱： 「反對者希望從對台灣歷史上的重大事件和歷代實際控制者的解讀中，表現出台灣的『獨立性』，而對於（北京）中央政府對台灣的統治，反對者則謀求淡化其對台灣的影響。」早在月初環球網就表達了對台當局調整課綱的支持讚賞，稱「新版本基本排除了『台獨』及『皇民化』思想，在史觀上回歸『兩岸同屬一個中國』」。
台灣的反對修訂者指，此次課綱修訂主導者多與「兩岸統合學會」有關，參與的學者也幾乎沒有以台灣史為專業，質疑有強烈政治動機。
鳳凰網