顧頡剛是錢穆的伯樂，顧自言：他「太愛才，見人寸長，恆欲其發展，如見錢賓四《諸子繫年》，即為之介紹於燕大任講師，後又為介紹於北大、齊魯任教授。」
1940年錢受顧所邀到成都齊魯大學國學研究所工作，他對研究所事根本不過問。而到41年2月1日，校長劉世傳招顧過去，說錢穆、胡厚宣對研究所極熱心，極有意見，以後凡事要開所務會議商量。因而顧發牢騷說：「所務會議自當開，惟錢、胡二位有意見何以不對我說而向西山說，西山何以亦不對我說而對校長說，必由校長以傳達於我乎？此中之謎，不猜亦曉。予太負責，致使西山無插足地。故渠必欲破壞之，渠對賓四，忠順萬狀，其目的則聯甲倒乙而已。」因而顧萌生去志，9月13日回重慶時，把所務交錢代理。11月10日日記中顧說張其昀有政治野心，壟斷《大公報》社論，錢穆等人為其羽翼。錢在上面發表的議論文字，內容經不起分析。辛樹幟為錢惋惜，認為他是自落聲價。這時他們嫌隙已開。顧42年10月4日記：「前日書銘來，謂我寫與彼信，有『只要錢先生任主任，將來剛幸能擺脫塵世，必仍有為齊大專任研究員之一日』等語，使賓四對我起誤會。……予對賓四，盡力提攜，彼來蓉後，要什麼便給他什麼，且我自知將行，盡力造成他為主體之國學研究所，我對他如此推心置腹，彼乃以此相報乎？人事難處，至矣盡矣！總之，文人學士，有己無人，賓四號為能思想，而一經涉世，便與聞在宥相似。」此時二人裂痕加深。1943年2月11日記：沈鏡如告訴顧，錢在研究所排擠胡厚宣之狀，胡的甲骨文論集幾乎無法付印。西大畢業生楊貽，想進研究所研究考古和甲骨文，而錢穆答曰：「此間只治秦漢史，無古代史研究。」意不使胡厚宣有學生，原因是胡向劉校長處訐錢，校長又恐錢坐大，乘間挑撥。因而顧嘆息：「其吝如是，其前途可量矣。噫，賓四為人，貧賤可以不移，而富貴乃不能不淫，何好談修養者其自身無修養乃至是也！」
1949年後，顧在日記中屢說錢參加反共組織，成為民族罪人云云，不過形勢使然。其實顧由衷欣賞錢，如1953年11月25日記：「賓四《先秦諸子繫年考辨》，一書實其精密，為不朽之作，雖有許多主觀之見，無害其為大醇。」後面有多次研讀錢著的記載。1958年7月14日想買《諸子繫年》香港重印本，而被夫人勸阻。不過顧對錢態度複雜，如1955年8月23日記：「王芳雲：在齊魯上學時，許多同學說錢賓四『拔一毛而利天下，不為也』，說予則曰『摩頂放踵利天下，為之』。」
顧1957年5月2日記：「政府派黃居素到港，作聯絡事宜，故真如（陳銘樞）邀其來此，囑予為賓四寫信，能回來最好，即不回來亦望改善態度。」據錢回憶，他在港時，「有人來言，顧面告，其在北平重獲舊時學業生涯，盼余能設法早歸。則其不忘情於余者，實始終如一。」許禮平先生《容庚二三事》談及1956年容庚受周恩來委托去港勸錢不要罵中共，估計顧給錢寫信也是周的統一部署之一。
1965年1月10日，顧在小組會議時發言說他受蔡元培愛才思想影響：「以致提攜錢穆，使其有資本投入反動陣營，實為予對不起祖國之最大事件。」回家一說，夫人大鬧，搞得他動輒得咎。1979年1月30日顧得王煦華信，說上古社編輯告訴他「《崔東壁遺書》中之胡適、錢穆二序不必刪，此亦今日形勢需要」。此時錢穆已是中共重要的統戰對象。自1946年一別之後，他們未再謀面，錢穆在1982年得知顧去世消息後，不忘故人之情感嘆說：「從此更無再見之緣矣！」