對於陳垣在1949年之後的表現，最讓大家議論的就是1952年12月2日他寫給楊樹達的信，其中說：「來示謙欲法高郵，高郵豈足為君學？況我公居近韶山，法高郵何如法韶山？……不知尊見以為何如？」
而嚴耕望的看法很有代表性，他認為陳「與世浮沉的性格，所以晚年不免為政治洪流所覆沒，在學術上不能再有所作為！」後來看出勢頭不對，「但為時已晚了！」其實分析這封信的背景正是知識分子思想改造時期，陳垣信中表達的「法韶山」不過是學習馬列的政治表態而已。
1943年11月24日，陳給方豪的信中說：「從前專重考證，服膺嘉定錢氏；事變後，頗趨重實用，推尊昆山顧氏；近又進一步，頗提倡有意義之史學，故前兩年講日知錄，今年講鮚埼亭集，亦欲以正人心、端士習，不徒為精密之考證而已。」
這才代表陳垣的真正看法，先法嘉定，後法昆山，最後法謝山，這也是他治學的軌跡。
其實與其去猜測，不如從陳垣作品中挖掘一些線索，或許會對解答此問題有所幫助。在《通鑒胡注表微》裏，陳垣提出在政權更迭之際，為自保，要提防以前僮僕的報復，如他評道：「凡易姓之際，新舊勢力轉移，則平日受壓迫之人即思報復，故上變告密之事恆有。……嗚呼！深寧、身之杜門不出，正為此也。」「刻薄傭人，為居家所大戒，當新舊勢力遞嬗之際尤甚。」
全書一共提了五處，可謂一發而再發。此書寫於日據時代的北平，陳垣就感受到這樣大的壓力：「同人同學屢次遭受迫害，我自己更是時時受到威脅，精神異常痛苦，閱讀《胡注》，體會了他當日的心情，慨嘆彼此的遭遇，忍不住流淚，甚至痛哭。」而49年後他更是明白自己所處的環境。翻看陳垣49年後的發言，非常程式化，幾乎都是檢討和反省：1952年思想改造時，對輔仁大學全校檢討，檢討自己在1923年曹錕賄選時參加了國會並拿了錢，「一失足成千古恨」。說自己研究歷史，立場、觀點、方法都是錯的。「沒有人民立場，喪失了民族氣節」，「死心塌地的」為帝國主義者效勞，「危害了人民，貽誤了青年，喪失了教育主權，背叛了民族利益。」而他這樣的苦悶與屈辱又不能跟身邊的人說。以自貶來自保就成了他當時的生存策略。大家老用陳寅恪不妥協的態度來要求陳垣未免太情緒化。不考慮具體的歷史環境和個人際遇，要求人人當烈士，更是要不得。你要一個七八十歲的老人怎樣，要不顧身家性命而抗爭嗎？而且以他的眼光和操守，就是給自己在歷史中找位置，向胡三省、王夫之等人看齊，所以對於49年後他的行為，可以解釋為韜光隱晦，以圖保身、保家而已。
因而可以猜想陳垣寧可不寫，也不用馬列那套，這不也是一種操守。而方豪對此看得清楚，對《通鑒胡注表微》「重印後記」裏陳所說：「我想，這是舊作，是沒有學過馬克思、列寧主義時舊作，限於當時的思想認識，自然有不少幼稚及迂闊的言論。」方豪評論到：「但在學過馬列主義後，何以不加新的思想認識？『幼稚及迂闊的言論』何以不刪去？何以要重印？是否對新政權亦有感慨？明眼人自能知之。」
方豪此文寫於陳垣逝世後不久的1971年，他在文末引用1942年陳垣在輔仁大學返校運動會上的演講，裏面提出年老者「亦須不變節，不失操守」，「注意晚節，不可與人同流合污」。看來陳垣晚年有以當之。所以套用陳垣對胡注的表微，我們也對陳垣此書及其晚年也進行一番「表微」，若陳先生地下有知，加以首肯也說不定。