鄧廣銘是傅斯年一手提拔起來的，所以他對自己的恩師感激有加。鄧在北大當助教，研究辛稼軒的文章在刊物發表，深獲傅斯年的賞識。1939年傅安排鄧廣銘到昆明北大文科所當高級助教。1940年後，又讓鄧到李莊的史語所做研究。
1942年1月15日傅斯年致信教育部長朱家驊，向其推薦鄧。鄧在自傳裏說，他1927年被山東省立第一師範開除，到1930年秋考入北大，而這期間的三年時間，履歷空白。他說其時「陷入走投無路的苦悶之中」，沒有提他在參加大同盟的事。鄧是1927年因積極參與反帝遊行而被學校開除，然後被吸收進這個國民黨的外圍組織。鄧參加過國民黨黨務工作，在49年中共建政後，是決不能說的秘密。文革時，紅衛兵還調查過他為什麼沒有跟傅去台灣的事，如果知道鄧還做過國民黨黨務，那鄧就要面臨滅頂之災了。據其《懷念我的恩師傅斯年先生》一文所說：「我的長兄在家鄉參加敵後抗日的游擊戰爭，於1941年秋為境內通敵的盜匪所殺害，在家鄉的老母的生活也沒人照料。因此，到1942年我便商得傅先生的同意，準備到重慶找工作……我離開李莊去重慶時，傅先生寫了一封信給朱家驊，由我持信去見他。」
鄧的女兒鄧可因回憶說伯父鄧廣鐸1941年夏因擔任抗日區長在趕集時被漢奸用棍棒鋤頭打死的；鄧的弟弟鄧廣鎮是八路軍幹部，1939年在太和鎮被國民黨軍隊襲擊，被俘而亡。鄧廣銘兄弟二人的死到底哪個說法對，其實應該是不同時期鄧自己的說法而已。看來或是鄧當時得到的消息有誤，要不就是他對傅斯年沒有說實話。
傅斯年又於1943年介紹鄧到復旦大學。復旦立刻聘鄧為副教授，次年升為教授。1945年傅給董作賓的《殷曆譜》作序，其中的言辭引發魯實先的批評。鄧10月19日給董作賓的信中說：「魯實先則卑鄙之尤者，彼所最恨者則是：一、請求楊銓獎金未得，二、欲入史語所未得。故藉今次之機會，一泄其怨毒。銘現亦正式與之絕。」楊樹達在9月26日致董信中說：「據復旦他友見告，有鄧君者亦在復旦教書，實先向亦交好。然鄧君時時有語言刺激實先之處，故實先尤不能忍云云，旁觀觀察如此，或亦近真也。」楊樹達認為此事是鄧廣銘挑起的，鄧廣銘明顯成了當事人之一。
鄧廣銘1946年被傅聘入北大教書，1949年後他不跟傅去台灣，決意留在大陸。1951年1月，他得知傅在台逝世的消息後，不禁在家失聲慟哭起來。他沒有敢寫追悼傅的文章。到三四十年後他才先後寫了兩文來彌補以前的愧疚之情，前一文因為還有顧忌，所以有的話欲言又止，後面一文才交代了很多傅幫助他的實情。