跨渤海隧道預算2,600億人民幣，遭質疑恐成「大白象」尚在其次，隧道位於地震帶上也是遭反對主因之一。國家地震台曾指，渤海跨海通道項目位於郯廬地震帶，該地震帶北起黑龍江，南到長江，是東北亞其中一條斷裂帶，歷史上曾發生多次強烈地震。
住房和城鄉建設部城市交通中心一位副主任指，任何宏大的改造自然條件項目，都會有一定副作用，且海底隧道不可能有太多出口，只能有益於兩個點。他認為，斥巨資連接大連和煙台不如建一條環渤海灣高鐵，不僅風險小、成本低，還能帶動沿線地區發展。
專家指客運量未如推算
北京交通大學教授趙堅指，課題組上報方案中提到，「2020年渤海海峽潛在客流量將達3億人次」。但公開數據顯示，該海峽2011年客流量僅為654萬人次，要每年增長4倍多才能達至預計，幾乎不可能。
趙指，京滬高鐵開通三年客運量才突破2億，大連和煙台之間客流不可能超過京滬線，質疑課題組是為推動項目上馬，根據投資額推算而編出來。趙認為渤海跨海通道不是不能建，而是現在還不到時候。「50年後或許能有較大需求，所以應20年後再討論具體方案」。
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