坐「老虎凳」、書本墊肋骨用鎚「隔山打牛」、竹片猛插肋骨間隙……念斌在扣押期間，被警方屈打成招！念被打並咬舌期間的審訊錄像，出現一個小時的缺失。公安部物證鑑定卻稱：未發現錄像內容經過剪輯、整合技術處理。直到去年福建高院開庭，相關警員仍堅稱沒有刑訊，辦案過程文明合法。
2006年，被傳喚到平潭縣刑警隊提審室後，刑警翁其峰將念斌吊在窗戶上，拿一本書墊在他肋骨處用鎚猛敲；還拿竹片往他肋骨中間插，念痛不欲生一度咬舌自盡，被放下來繼續銬到老虎凳上固定手腳，刑警隊三天不讓念睡覺，簽很多份筆錄。刑警大隊長遊經飛曾誘他認投毒，稱最多判兩、三年；又警告他不管誰提審都不能喊冤，否則連他老婆一起抓來用刑。擔心兒子變孤兒，念只好認罪。
福州中院的三次開庭，每次念斌一提公安嚴刑逼供，法庭就都制止不讓他說下去。自關押到冤獄得雪整整8年間，念戴工字形腳鏈手銬長達6年多。腰背佝僂，渾身關節僵硬疼痛。
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