美國一項研究發現腸道細菌的種類與數量，會隨日常生活有很大變化。研究監察兩名健康人士的生活一年，他們須每天保存糞便樣本化驗，並在一個特設程式內記錄每日生活狀況，包括飲食、運動、睡眠及疾病等資料。結果發現，飲食對腸道細菌種類改變影響較大，如吃得油膩、辛辣及太甜等，也會有影響。
研究顯示，運動、情緒及腸道疾病等會影響益菌水平，如兩名參加者運動較多的日子，益菌數量會較多。研究又發現，其中一名參加者因感染沙門氏菌引致食物中毒，康復初期，腸道的沙門氏菌比率由平常約一成大增至三成，在這段患病期間，腸道的益菌更幾乎完全消失，約需兩周，益菌比率才逐漸回升至正常的四成。