肥胖與第二型糖尿病或與腸道益菌不足息息相關。土耳其一項研究比較27名癡肥、26名剛確診第二型糖尿病患者及28名健康與體重正常人士的腸道益菌數量，全部人在研究前三個月均沒有服食抗生素，故腸道細菌數量不受藥物影響。結果發現以健康組做基礎，癡肥組的益菌少4至12.5%，糖尿病組則少10至11.5%。
研究又發現三種常見腸道益菌分別受到體重指標（BMI）、血糖與腰圍影響，三項指標若超出正常範圍，該三種益菌數量也隨之降低。研究人員估計，肥胖與糖尿病影響新陳代謝效率，相信是令益菌數量下降元凶，將來或可透過檢測腸道益菌找到高危族。
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