若望保祿二世逝世九年就獲封聖，是歷來最快的，但他被指生前包庇孌童性醜聞神父，引起爭議，受害者指他不應封聖，見他封聖就像在他們傷口上撒鹽。
批評者針對的是創辦保守派「基督軍修會」的墨西哥神父馬西埃爾，梵蒂岡幾十年來收過無數指他狎童、有私生子女、吸毒和侵吞公款的指控，他卻一直得到若望保祿二世支持，直到2006年才被本篤十六世制裁。另外美國波士頓教區大主教勞爾2002年被揭故意包庇孌童神父，為此辭職，若望保祿二世卻給他梵蒂岡要職。
支持者指他被下屬矇騙
若望保祿二世的支持者，指他被下屬矇騙，不知性醜聞實情，當成是類似冷戰時期共產國家對天主教會的抹黑，又稱他02年4月一知美國的性醜聞鬧大，就傳召美國眾主教問話，反映他「決斷」處理醜聞。
美國的「神父侵犯受害者網絡」稱：「教宗有巨大權力，不能因下屬隱瞞嚴重過失而推卸責任。」加拿大鹽與光天主教電視網負責人羅西卡指，聖人也非完全無錯失，封聖並非對已故教宗任內表現作全面評價。
教會內另有一種意見認為，所有已故教宗都不應封聖，指封聖有很重政治意味，已故教宗封聖，令他們的政策更不能受到挑戰，更何況若望保祿二世生前也鼓勵冊封一些沒在教會身居要職的聖人，以作一般教徒的榜樣。但支持者指教宗的職責是傳信仰和鼓勵教徒當聖人，把他們撇除出封聖行列會很「荒謬」。
路透社