何炳棣是在1966年當選院士的，他在自傳《讀史閱世六十年》裏說1968年2月初返美之前，他在新加坡作演講：「我說明傳統科舉制度確實還具有一定程度的社會『公道』，順口感慨着這種科舉時代最低的社會『公道』，與國民政府當政二十二年期間的政權一黨獨攬和孔、宋的貪污盜國，適成一鮮明的對照。」台灣《新聞天地》發表評論認為他是攻擊政府，引起蔣介石向時任中研院院長的王世杰質問，因而他和中研院「中斷聯繫達二十二年」。而據王世杰日記，何炳棣當選中研院院士那年，他對何的印象不錯：「1966年12月23日：晚晤何炳棣院士，此為吾國在美研究中國經濟、社會史而有成績之壯年學人。日前張曉峰在某會議詆其左傾，似是誣詆，余當時聞之，頗為憤慨。」
對於何新加坡演講的反應，王世杰在日記裏留下了相關的記載：1968年3月1日：「下午參加總統府宣傳外交綜合組會議。會中提出了關於何炳棣在新加坡攻擊國民政府言論之報告，並涉及蔣先生。有人主張開除何之院士名義。余謂余不擬作任何提議，但望政府採取任何步驟之前，須仔細考慮該項步驟能否發生預期之效果，以及影響。（張）岳軍﹝時任中央黨部秘書長﹞以為然，因暫未作決定。」
3月7日：「中研院院士何炳棣在新加坡演講痛詆中國國民黨，並謂孔子的『有教無類』即是共產黨思想。蔣先生昨日告知我，謂此事應由中研院負責處理。」
3月23日：「前日及今日分約評議會會員開座談會商討何炳棣言論事。群以為不宜公開正式評論會作公開之斥責。余決定以此意見報告總統。」
4月9日：「何炳棣言論案，余向蔣先生陳明，不宜作公開斥責，蔣先生允余所請。」
看來台灣方面對何炳棣所說的「孔子的『有教無類』即是共產黨思想」有強烈反應，而何在回憶錄中卻略去了此點，還以媒體「歪曲事實」來自我辯護，顯得並非理直氣壯。當時蔣介石和中研院比較清醒，也顧及外面的影響，並沒有因此開除或公開譴責何炳棣。不過何說他和中研院「中斷聯繫二十二年」的說法，有些不可靠，因為時任院長的王世杰1969年到美訪問、拜會留美院士，11月8日何炳棣出席會議並會晤王世杰，直到1971年他還和新院長錢思亮在美國會過面。
1972年4月12日，王世杰與包括錢思亮院長在內的一些中研院評議員討論院士何炳棣、楊振寧兩人自大陸回美後，發表公開言論，為中共宣傳事。大家認為此事中研院或政府採取任何公開制裁或表示，會使其成為英雄，於國家或中研院均為不利。因而錢思亮提出留美院士勿發表同情中共言論並去大陸訪問，而這樣的勸告並無效果。1977年何炳棣和楊振寧、陳省身、趙元任等七院士在紐約連署廣告主張美國正式承認中共政權，放棄台灣。到1979年美國和中國大陸建交為止，中研院始終沒有對七院士發表公開譴責或聲明。