宮崎駿與《地海傳說》及《紅花坂上的海》導演長子宮崎吾朗（左一）關係惡劣，吾朗甚至曾指宮崎駿做父親零分，宮崎駿亦曾當眾大罵兒子。由於父子關係差，有指宮崎駿將《崖上的波兒》男孩主角描述成父親經常不在家，但也能照顧家庭。紀錄節目《父與子的300日戰爭》也呈現宮崎父子的實況。
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