穆爾西盡失民心，亦得不到軍方支持，注定總統夢碎。在眾叛親離下，軍方曾以安全離國、豁免起訴等條件誘使他自動落台，穆爾西都堅決說不，以一句「踏過我的屍體吧」回應，結果遭軍方軟禁。
穆爾西所屬穆斯林兄弟會有成員說，早在反對派周日（6月30日）爆發大示威前一周，敗象已露端倪，「我們在6月23日就知道完蛋了」，當時軍方要求穆爾西和反對派在七天裏化解分歧，很明顯是不可能的任務。
風雨欲來，總統和軍方越行越遠。先是部隊軍車悄悄部署到全國主要城市，情報官員不上報，穆爾西完全蒙在鼓裏。穆斯林兄弟會的辦公室被示威者襲擊洩憤，警方也拒絕提供保護。
穆爾西作最後掙扎，跟國防部長塞西、總理甘迪勒開緊急會議，但會上穆爾西只顧強調自己是民選總統，對民眾關心的物價飛漲、失業高企、電力短缺等問題置之不理。他又想在軍中拉攏盟友跟他站在同一陣線，亦告失敗，沒有軍人支持他。
兄弟會發言人阿里說︰「我們太天真……沒想過被背叛得這麼徹底。」塞西已決定了穆爾西的命運，攤牌說一是坐牢，一是他自己宣佈辭職，「他兩樣都不肯，不想再把國家交到軍人手中」。
6月30日全國示威後穆爾西大勢已去，他跟家人翌日避入專責保護總統的共和國衞隊總部內，助手致電西方政府求救徒勞無功，然後軍方隨即發出48小時最後通牒。
國營《金字塔報》報道，軍方曾以安全送穆爾西到土耳其、利比亞，或是豁免起訴換取他辭職，他都一一拒絕。周二晚他發表「堅持到底」的演說後隨即遭軍方管制，周三下午總統的最後一道保護線──共和國衞隊成員亦離棄穆爾西，任由他被軍方帶到秘密地點軟禁。
美聯社