科學之所以稱為科學，在於科學劃分為越來越細讀專門領域，沒有一個科學家精通科學的一切領域。我的一位大學同學張少吾，是澳大利亞專門研究「蜜蜂通訊」的科學家，另一位同學孫家昶是中國科學院「並行軟件研究開發中心」的首席科學家，還有一位同學倪錄群是加州大學聖地亞哥分校航空航天工程系的科學家，還有同學是科學院院士。
宗教與科學不同，宗教在解釋世界時，不劃分領域。每一種宗教都企圖解釋一切。不同的解釋使宗教的不同教派分開並互相競爭。科學越發展，劃分的領域越多。許多跨領域的問題，如訊息、系統、控制、整體、演化等問題，遵循科學的方法去研究，也形成一個又一個領域。「科學樹」的分枝是不斷伸展的。科學理論沒有永恒，隨着人對世界認識的深入而不斷發展。科學中不同學派的爭論，不會造成宗教教派那樣的衝突，被事實證偽的學說或觀點總是自然淘汰。
我在大學時接受科學訓練，我當時的「專門化」是「基本粒子物理」。當我跨出校門、進入哲學研究所時，發現哲學雖然也分科，但遠沒有科學那麼細，哲學介於科學與宗教之間。在當時，哲學研究所的「環境」與科學毫不相干，那是一個意識形態的大戰場。恩格斯有一部著作，叫《自然辯證法》。馬克思和恩格斯是雄心勃勃的人，他們認為自己在哲學領域是一種新世界觀的開創者，這種哲學，不同於舊的、簡單的、所謂「形而上學」的唯物主義，是「辯證的」唯物主義。馬克思用這種哲學來闡述社會發展規律，恩格斯則用它來說明自然現象，《自然辯證法》就是因這種想法寫出來的，可惜尚未完成，全書沒有形成體系，有些是斷簡殘篇。
到哲學所時，正是全國開展批判楊獻珍的「合二而一」的時候，我在《人民日報》上讀到了龔育之文章，說「精子卵子結合」不是「合二而一」，而是「一分為二」，我大為驚訝。這時，哲學所的空氣與大學時代已迥然不同，甚麼科學精神，已一掃而光。我從科大畢業，進入哲學研究所時的感覺，就像是從二十世紀中葉科學發展的一個山峯，一下子跌落到了「中世紀哲學」的深谷。當時中國的哲學盡是「一分為二」、「打乒乓球哲學」、「賣西瓜哲學」，已經成了「廉價哲學」。我對同事說，現在批判「合二而一」的文章，遠遠一看，都是「一」「二」「一」，簡直是做廣播操。「打乒乓球贏了，是毛澤東哲學思想的勝利，輸了難道是毛澤東思想的失敗？」文革中，我參加一派時，另一派抓住我的問題，說這是反毛澤東思想，這些話在當時「學部」（社科院的前身）大字報上受到批判。
文革結束後，社科院開始恢復各個專業的研究工作。方勵之這時多次來哲學所，與我的同事殷登祥合作研究「天文學哲學問題」。方勵之還在哲學所作講演。世界真奇妙，這個方勵之居然後來多次與我相遇，出現在我同一節「人生列車」上。我懷着對「廉價哲學」的深惡痛絕，對方勵之說，天文學是科學，沒有甚麼哲學問題，到我們這裏來是浪費你的時間，也誤導我們哲學所的人。在方勵之後，科學院一位生物物理的研究生，畢業後，也走我同樣的路，進入了哲學所自然辯證法研究室。這就是一九七九年在西單民主牆與王軍濤一起辦《北京之春》的陳子明。現在想起來，方勵之、陳子明有一點與我相同，出身自然科學，非要搞甚麼哲學，把哲學作為研究政治的「跳板」，在中國的大環境中，最後殊途同歸。
作為題外話，我今天覺得，天文學也許存在哲學問題。對那些涉及超過地球史時間的天文學問題，在單獨陳述其結論時，有一些幾乎和宗教結論相近。溫伯格（Steven Weinberg）的《最初三分鐘》一書，用科學家熟悉的概念描述了「創世時刻」後三分四十六秒鐘內宇宙演化的圖景。溫伯格的描述，每一個「片段」都有科學根據，但當這些「片段」連接在一起時，都變成了不可「證實」也無法「證偽」的「假說」。有些結論幾乎與宗教相近。所不同的是，科學家隨時準備修正甚至推翻已有的理論，宗教用一不容動搖的教義要人去信仰某一結論。而對某一結論，科學用一小段一小段「線段」連接起來，每一「線段」，都顯得有科學根據、有事實、有論證、使人信服，而當這一小段一小段「線段」無限連接時，沒有一個科學家知道這條「連接線」會變成一條曲線，也沒有一個科學家知道這條「連接線」會伸展到何處。如果這條「連接線」伸展到與宗教相同的結論時，科學家都會把這條「連接線」和這一結論當作科學來接受。大爆炸宇宙學就是一小段一小段「線段」連接起來的「宇宙創生論」。這些理論和假說之所以屬於科學範圍，在於它們能準確地解釋許多現象，而且，可以為新發現的現象而不斷修正理論。然而，科學的天文學與神學之間的「界線」已經越來越模糊了，我今天覺得，在談論「超地球史時間尺度」的所有問題上，科學、哲學、神學形成了「三頭馬車」，似乎並駕齊驅帶動「宇宙起源問題」天文學的發展。
從一九八○年開始，我雖然在哲學所自然辯證法研究室，但大部份時間參與張友漁領導的政治學所和政治學會的籌備工作，這個籌備組設在離我家只有幾分鐘路程的趙堂子胡同，辦公室是幾間舊房子裏，大概是社科院向居民買下來的。一九八○年底，中國政治學會成立，我提交了〈社會主義和三權分立〉等兩篇論文。幾個月後，「中國自然辯證法研究會」召開成立大會，當時我仍是自然辯證法研究室助理研究員，我也必須參加這個成立大會。在我心目中，自然辯證法既不是科學，又不算甚麼哲學，是從蘇聯移植過來、又具中國特色的東西，在哲學各個分支中毫無地位，我稱它為「自然變戲法」。我決定跳出「中世紀經院哲學」的深谷，在這次成立大會上對自然辯證法作「告別演說」，但要說得與會者不至於反感，而且難於受到批判。
我的「告別演說」是〈自然辯證法王國的前景〉。我在演說時，「自然辯證法王國的國王」、我的導師于光遠坐在主席台上。我借于光遠關於「學科」與「國家」的比喻說，在現實世界，國與國之間有合作、聯盟、侵略、戰爭等多種關係，也曾產生過亞歷山大帝國、羅馬帝國、查理曼帝國、成吉思汗帝國這樣疆域遼闊的國家，但它們後來都分裂了、解體了。「思想世界」也有類似現象。為了爭奪研究領域，「物理學國」不斷掠奪「化學國」的領土，「政治學國」和「法學國」有時為了一小塊國土而發生邊界衝突。正因為這些衝突和戰爭，「思想世界」中的地圖不斷發生改變。「自然哲學國」是古代思想世界的一個大帝國，隨着近代自然科學的發展，它最後瓦解了。我在這次「中國自然辯證法研究會」成立大會上說，「自然辯證法王國」就是當代的「自然哲學國」，它沒有獨立的研究對象，一定會解體，會分解為以「科學」為研究對象的「科學學」、「科學哲學」、「科學行政學」。我認為自然辯證法在中國起了科學普及的一些好作用，但毋須披着「辯證法」外衣進行。
我的發言，沒有人認真對待，于光遠也不生氣，在這之前，于光遠已經同意我從自然辯證法轉行，參加「政治學所籌備組」。我不過是自以為是，在成立大會上大談「國家」解體問題。這次會議是在一九八一年十二月下旬召開的，想不到，在我這次發言後整整十年，一九九一年十二月下旬，蘇聯，一個以「蘇維埃」這種「意識形態名詞」作國名的國家，就像自然辯證法以「辯證法」這種「意識形態名詞」作「學科名稱」一樣，最後解體了。
我相信，無論是「思想世界」中的「學科」，還是現實世界中的「國家」，都不能用純粹「意識形態」的名詞作「學科名」或「國名」，甚麼自然辯證法、神聖羅馬帝國、蘇維埃聯盟、南斯拉夫聯盟，否則，就會面臨滅亡或解體的命運。
在這次會議後，我離開了思想世界中的「自然辯證法王國」，全心全意地踏入了政治學領域，我滿懷信心，要在中國把政治學當作一門科學來研究。正是這一想法，導致了我流亡海外二十四年，至今不能回到我的家鄉。
中國的自然科學和技術科學正在一步步在創造自己的高峯，有些領域已接近世界頂峯，而今天中國社會科學，除了經濟學幾個學科外，許多學科，有些是世界許多年前的水平，有些學科，如哲學、政治學，仍然陷在「中世紀意識形態」的深谷中不能自拔。有意思的是，居然還有人那麼認真地提倡「國學」，還有人自封為「國學大師」。我不知道，法國、英國、加拿大有沒有自己的「國學大師」？