新任教宗方濟剛當選就有人翻他的舊賬，批評他在阿根廷軍政府年代太軟弱，沒有盡力保護神職人員及教友，特別是支持「解放神學」的左翼人士。還好批評沒有繼續發酵，對他的權威及天主教會公信力不致有甚麼影響。
近百年來在政治上最具爭議性的教宗大概要數庇護十二世（Pope Pius XII）。他三十年代中後期擔任教宗，正值法西斯主義及納粹主義橫掃歐洲，鎮壓異己，違反人權，酷刑虐待政敵的情況越來越嚴重；後來更出現大規模搜捕、虐待、殘殺猶太人的行動，包括在不同地方設立集中營。天主教會對希特拉上台固然沒有積極反對，對納粹暴行同樣不置一詞。而作為教會之首的庇護十二世雖然對納粹暴行有所聞，但他沒有提出任何批評，沒有為歐洲各地猶太人的苦難說句公道話，更沒有向他們伸出援手。庇護十二世對滔天罪行的沉默以至縱容着實令很多人失望，英國作者John Cornwell就在1999年出版了一本他的傳記，把他說成是是"Hitler's Pope" 。
另一位政治上惹火的教宗要數若望保祿二世。他是波蘭裔主教，對蘇聯強權控制深惡痛絕，對共產主義有由衷的厭惡。上任後不久他就訪問故鄉，親吻土地，鼓勵教會及教友推動變革，打造美好社會。不久，以團結工會為核心的獨立工運、社運在波蘭遍地開花，令波蘭共黨政府手忙腳亂，最終在蘇聯壓力下被迫實行軍管。但是由若望保祿點起的改革之火沒有熄滅，教會更成為民間抗爭力量的重要後援。到八十年代末蘇聯開展 perestroika（改革），放寬控制，波蘭便成為第一個脫離東歐共產陣營，重拾自主權的國家。
波蘭的經驗，教會催化政治改革的作用自此備受重視，專制政權如中共當權者自此更提防教會的力量，更在意及積極控制國內教會及教友，削弱梵蒂岡的影響力，防止和平演變。
新教宗方濟的處境不同，他面對的威脅不再是龐大的專權政體或充滿敵意的意識形態，他要處理的是內部的危機與挑戰，包括在不同教區出現的性醜聞，梵蒂岡的財務管理問題，西方發達國家教友數目下跌及熱情不再，第三世界國家教會成為主要增長動力……等。當然還有外部世界改變對傳統教義帶來的衝擊如同性婚姻、生育及墮胎爭議、女性在教會的地位等。這些衝擊也許不至於即時威脅教會的存續，卻有可能加速天主教會的衰落，令教會變成芸芸「非政府組織」之一，失去向來影響社會的力量。