剖腹生產可減少嬰兒腸道的益菌。加拿大一項研究分析24名4個月大健康嬰兒的糞便，發現剖腹生產的嬰兒腸道的益菌數量，遠低於自然分娩的嬰兒，益菌的種類也較少，估計剖腹生產打亂嬰兒消化系統的發育，令製造益菌的功能被擾亂，研究估計產婦剖腹後不能即時餵哺母乳，手術時或要使用抗生素，均是影響初生兒腸道的關鍵因素。
研究又發現不吃母乳，出生後即以奶粉餵養的嬰兒，腸道益菌的種類同樣較少，但一種可引發各類敏感症的細菌數量卻比正常高。由於今次研究的樣本數量少，研究人員計劃最終收集2,500名幼兒的糞便進行分析，確定剖腹及母乳與嬰兒腸道健康的關係。