早於1995年，政府按照「污染者自付」原則，向全港逾200萬個住宅用戶徵收排污費，費用按排水量釐定，用水量越多，支付污水處理費用越高，一般將用水量分兩級，首12立方米用水是免收排污費，超過此數則便每立方米收費1.87元，由水務署在水費單中代渠務署收取。
西貢多處仍未竣工
由於排污費同時包括建設公共污水設施開支及維修成本，渠務署以環保為由，取替村屋自建化糞池處理污水，90年代開始為鄉郊地區鋪設公用污水渠設施，各地區按各自需要而定下興建工程日期，例如渠務署在95年起在西貢一帶進行污水收集系統研究，目前孟公屋以至北港凹鄉一帶的污水渠工程正在施工，還未包括即將開展的清水灣道、西貢巿西郊等工程，以及處於規劃及設計階段的西貢牛尾海，以及將軍澳污水收集系統工程，預計「埋單」費用高達14億7,100萬元。至於被指濫收排污費的元朗區，渠務署08年斥資二億餘元開展元朗及錦田污水收集系統工程，為至少40多條鄉村，包括丹桂村、水邊圍、洪屋村等超過6,000戶鋪設公用污水主幹渠繫至各村口，尚有明年開展的21億元、元朗及錦田新一期污水收集及污水排放工程，惟工程尚未完結，便有住戶投訴要預繳排污費。《蘋果》記者