海事處處長廖漢波指，現時正調查南丫四號及港九小輪海難成因，預料6個月內完成，希望藉以減低日後再發生意外機會。
調查方向包括安全設備是否足夠，及南丫四號被撞後急速下沉原因，並考慮改善檢驗及巡查機制。自事故發生後，海事處已加強巡查，例如小輪的求生設備，救生衣放置的位置是否適當等，廖漢波表示巡查後發現有部份船隻有欠妥善的地方，會要求改善及再作跟進。
對於有傳媒報道，有目擊者指出當時有船員代表船長駕駛，廖漢波強調上述做法並無違例，但認同行「雙船長」制會更安全，但涉及成本上升會轉介消費者的問題，擔心會惹爭議。