YHA經營不善，住宿服務雖帶來每年約400萬元收益，再加上約90萬元的會員續會或申請費，共有500萬元落袋，每年還有步行籌款100多萬元，但旅舍在2009至2012年的賬目表顯示，長期入不敷支，2009年和2010年分別虧損達210萬元和125萬元，去年才略略收窄至約72萬元，再要靠其他外來捐款填氹。
去年立法會民政事務委員會文件顯示，大美督、昂坪和望東灣青年旅舍，是用私人遊樂場契約，向政府以豁免地價或以象徵式1,000元租用，西貢兩間旅舍和大帽山旅舍，則是以象徵式1元繳付政府土地牌照營運。故此，YHA床位亦得以廉價出租，大房床位每晚100元有找，部份旅舍更設有二、三和六人團體房間，每位百多元。
聯會成員質素參差
雖然身為國際青年旅舍聯會成員（IYHF），與逾90個國家和地區、超過4,500間旅舍，為全球超過400萬會員服務，但旅舍間行政互不干預，故旅舍服務和質素有參差。
《蘋果》記者