學部是中國社會科學院的前身，至今沒有出版過一部《學部文革史》。參加文革的人現在都進入老年，劉再復當年在學部《新建設》雜誌當編輯，現在已年過七十。錢鍾書夫人楊絳當年在外國文學所工作，現年一百零一歲。文化大革命中，學部一千七百人分為三大派──學部紅衞兵聯隊、紅衞兵總隊和革命大批判指揮部。現在聞名中國的經濟學家吳敬璉當年就是革命大批判指揮部的創建人之一和專案組組長。
除了這三大組織外，也有一些不被人重視的小組織，如李肇星的同學與好友、外國文學所鄭土生，為了捍衞紅太陽，成立了一個「衞三紅」組織，當年我多次見到他拖着長長的大字報一人去張貼。他剛剛貼好大字報，就被人用紅筆寫上「畏三紅」三個大字。鄭土生充滿中國農民的樸實氣質，文革中他全心全意捍衞紅太陽，說他「畏三紅」，真是寃枉了他。
林聿時、吳傳啟是學部、也是全中國文革第一張大字報的作者。學部三大派在對林聿時、吳傳啟和中央文革成員關鋒、戚本禹的態度上存在根本分歧。不過，在四十多年後的今天來看，這種分歧沒有多大意義，每一派都是毛澤東操縱下、有局部自主性的傀儡，毛澤東還利用這種自主性，挑動群眾鬥群眾，用一部份知識分子對另一部份知識分子實行群眾專政。
學部紅衞兵中沒有學生，除了個別年輕的工人外，其餘的都是中青年，最小的也有二十歲。大多數人並沒有參加甚麼紅衞兵，但按當時派別傾向來分，往往說自己屬於紅衞兵聯隊、總隊或革命大批判指揮部。被打成「黑幫」、「牛鬼蛇神」的人，和一些不投入運動的人，不屬於任何組織。像當年三十多歲的李澤厚，大多數時間屬於逍遙派。
從一九六六年八月中旬起，學部在吳傳啟問題上，開始發生分裂（參見《蘋果日報》本版七月一日文章）。八月二十七日，成立了學部的第一個群眾組織學部紅衞兵聯隊，支持學部文革小組領導人林聿時、吳傳啟。稍後，學部紅衞兵總隊成立，全力以赴反對吳傳啟。
在文革前，關鋒、林聿時和吳傳啟三人用「撒人興」（即三人行）的筆名在《新建設》和《哲學研究》等刊物上發表了許多有關哲學史的文章。在文革初期，關鋒是中央文革小組成員，反對吳傳啟當然要小心翼翼地不涉及關鋒。總隊從吳傳啟的文章中摘錄了幾百句話，抓住吳傳啟曾經說過「褲子都賠光了，還有甚麼政治？」之類的話，斷言吳傳啟是「三反分子」。聯隊則堅持認為，吳傳啟與關鋒一樣，都是無產階級革命派，攻擊吳傳啟，實質上「老保翻天」，打擊文革中首先起來造反的左派。
文革初期，陶鑄是中國第四號人物，排在毛、林、周之後。當時，陶鑄作為中宣部長，主管學部文革，學部的工作組是陶鑄派的。一九六六年的九月中旬，學部就吳傳啟是不是「反黨反社會主義反毛澤東思想的三反分子」進行了七天的大會辯論。九月二十日，陶鑄以政治局常委、中宣部長的身份發出了四點指示，中心內容是肯定吳傳啟是「革命左派」，「中央宣傳部對他是信任和支持的」。陶鑄的四點指示一下達，一些人就從「反吳」變為「保吳」。一九六七年一月，陶鑄突然垮台。從「反吳」變為「保吳」的人不知如何是好。一些人今天站在這一派，明天站到另一派，後天發覺又錯了。所以，學部文革初期流行一句話：「貼不完的大字報，站不完的隊，寫不完的檢討，流不完的淚。」
學部革命大批判指揮部的領導人是傅崇蘭，就是現在的中國社科院當代城鄉發展規劃院院長。傅崇蘭和王恩宇是一九六四年大學畢業後分配到歷史所工作的年輕人，文革初期，各研究所都進行奪權。傅崇蘭、王恩宇起來造反後，就受到鎮壓，被隔離審查。一九六六年七月十七日下午，關鋒、戚本禹、康生的妻子曹軼歐、毛澤東的女兒李訥到學部，與學部工作組長張際春一起研究傳達陳伯達指示和為歷史所造反派翻案的問題，當晚，關鋒、戚本禹在歷史所傳達陳伯達指示，歷史所領導酈家駒立即停職反省，王恩宇、傅崇蘭獲得釋放，切斷中央文革小組成員、歷史所副所長尹達與歷史所的一切聯繫。自此，王恩宇、傅崇蘭與林聿時、吳傳啟一樣，成了學部公認的革命左派。王恩宇成了學部文革和聯隊領導人。
陶鑄垮台前半個月，總隊因個別人的筆記本中有懷疑關鋒的文字，被聯隊說成是「反中央文革」，在聯隊強大攻勢下土崩瓦解。從六七年一月到九月初，林聿時、吳傳啟和聯隊掌握了學部文革大權。林聿時、吳傳啟推薦《哲學研究》編輯部的周景芳到北京市工作，在北京市革命委員會成立時，擔任了革命委員會的秘書長，聯隊十多個人在周景芳手下分掌北京市的許多部門，包括掌管《北京日報》大權。
一九六七年四月，當時總隊已經垮了，學部成了聯隊的一統天下，但傅崇蘭開始另起爐灶，聯合近代史所張德信、張海鵬，外國文學所吳元邁，經濟所吳敬璉、黃範章，宗教所金宜九、黃心川以及其他所對吳傳啟、林聿時不滿的部份人，成立了「革命大批判指揮部」（簡稱「大批部」），決心與林聿時、吳傳啟對着幹。三十年後，革命大批判指揮部的這些創建人都是中國著名的歷史學家、經濟學家、文學、宗教等領域的專家。
一九六七年八月七日，王力在外交部的講話後，發生了火燒北京的英國代辦處事件。毛澤東下令將王力、關鋒逮捕監禁。陳伯達、康生和江青立即出來大罵王力、關鋒是隱藏在中央文革內部的「小爬蟲」和「變色龍」。由於王、關被端出來，學部與其有密切聯繫的以潘梓年、吳傳啟、林聿時、周景芳、洪濤、王恩宇為首的紅衞兵聯隊一派就垮了台。吳傳啟、潘梓年、林聿時、周景芳、洪濤、王恩宇等被北京衞戍區收監，聯隊在各所的頭頭全都被隔離審查。
潘梓年是學部副主任、哲學所所長，他是潘漢年的哥哥。潘梓年當時已年邁，沒有參加運動，由於他受到林聿時、吳傳啟保護，總隊與大批部就竭力打擊他，學部大院裏貼滿了〈揪出反共老手潘梓年〉之類的大字報。潘梓年是《新華日報》創建人，為共產黨的事業奮鬥了一生，在文革學部三大派的鬥爭中，他在七十四歲的高齡，被送往江蘇太湖的一個小島上躲藏，結果被抓獲，沒有任何罪狀就關進了監獄，一九七二年四月十日在獄中病逝。
一九六七年九月聯隊瓦解後，總隊成了學部最大的組織，但戚本禹支持的大批部依然存在，許多聯隊成員加入了大批部。一九六八年二月，戚本禹垮台，傅崇蘭在沒有「罪行」的情況下被扭送至北京衞戍區，大批部隨之土崩瓦解。紅衞兵總隊掌握了學部文革的領導權。紅衞兵總隊的隊長是誰，我當時就沒有注意。總隊的實際權力掌握在法學所文革小組的葉維鈞和學部政治部的宿炳辰、畢求自手中。大批部成立、聯隊瓦解、大批部的垮台，真是「站不完的隊」。
從一九六七年九月八日，《人民日報》發表經過毛澤東審閱的姚文元的文章〈評陶鑄的兩本書〉。文末有一段毛澤東所加但是與該文本身毫無關係的話：「五．一六的組織者和操縱者，是一個搞陰謀的反革命集團，應予徹底揭露」。文章發表時，學部聯隊正在瓦解中，學部就開始進行「清查五．一六運動」。聯隊和後來的大批部的主要頭頭，差不多都受到了隔離審查和大小會的批鬥。大批部成員孟祥才回憶說：「這期間，我多次在歷史所全體工作人員的大會上接受批鬥。還有一次，總隊在教育部禮堂（北京西單大木倉胡同鄭王府）召開全學部工作人員參加的大會，批鬥我們這一派的頭頭。我與近代史所的張德信、張海鵬、曹振中及語言所的蔡富有等都上台『亮相』接受批鬥。送給張海鵬和我的頭銜是戚（本禹）二班壞頭頭、王關戚的黑筆桿子。我們站在台上，脫帽、低頭、彎腰，傾聽發言人聲討我們的所謂罪行。」學部實際上沒有五．一六，這是一個寃假錯案。文革結束後，胡耀邦翻了文革中的除了五．一六以外的所有寃假錯案。現在，五．一六案仍然沒有翻過來。
一九六八年底，首都工人解放軍毛澤東思想宣傳隊進駐學部，學部三大派獨立活動的時代宣告結束，而大多數人仍然認同自己的派別。學部全體人員，除了金岳霖個別幾個人外，所有老幹部、老專家都集中在辦公室裏，睡在墊着草蓆的水泥地上。這時，研究室改編為「連、排、班」，每天聽軍號聲而起身，集中出操，唱語錄歌，跳忠字舞，吃「憶苦思甜飯」，進行大規模的清查五．一六運動，學部文革初期的造反派成了清查的對象。
一九六九年十一月，按照毛澤東「廣大幹部下放勞動」的「最高指示」，借林彪發佈戰備一號令之機，學部統統被趕到河南信陽地區五七幹校。一同被驅趕下幹校的，包括像俞平伯、錢鍾書、何其芳、蔡儀、賀麟那樣的老弱病殘，隨同幹部一道前往的，還有他們的家屬與小孩。楊絳的《幹校六記》記述的就是學部在河南的五七幹校。
近五十年前的學部文化大革命，如果不再把它記錄下來，這一段歷史也就消逝了。