被稱為「兩彈一星之父」錢學森,生前曾多次嚴勵批評方勵之。1987年錢在中共中央、國務院春節團拜會上,指名道姓地批評方,稱他是鼓吹全盤西化的代表人物。1989年,方向中共中央軍委主席鄧小平發表公開信,建議釋放民運人士,亦遭錢指摘參與「動亂」。