被稱為「兩彈一星之父」錢學森，生前曾多次嚴勵批評方勵之。1987年錢在中共中央、國務院春節團拜會上，指名道姓地批評方，稱他是鼓吹全盤西化的代表人物。1989年，方向中共中央軍委主席鄧小平發表公開信，建議釋放民運人士，亦遭錢指摘參與「動亂」。