終審法院被視為本港司法獨立的重要「堡壘」，隨着捍衞司法獨立形象濃厚的常任法官陸續離任，繼任人能否秉承捍衞法治理念，隨時影響本港司法獨立性。惟內地對本港司法、立法及行政「三權分立」一直有異議，國家副主席習近平早在08年7月訪港期間，已提出「三權合作論」，令人擔心內地對司法獨立的保守態度，會逐漸在本港發酵。
習近平08年訪港期間，曾與特區主要官員、立法會主席范徐麗泰及終審法院首席法官李國能會面，其間提出「三權合作論」，指管治班子應「通情達理、團結高效」，團隊要精誠合作，行政、立法及司法機關要互相支持。
內地學者對本港的司法制度亦多意見，清華法學院副教授程潔曾撰文，指本港司法機關享有「國家法院」級別的權利，卻容許外籍公民擔任法官，是《基本法》一大錯誤，令人關注中央會否借任命司法人員干預本港司法獨立。《蘋果》記者