陳水扁就貪污國務機要費案脫罪後，引起藍營反彈，皆因其是導致扁鎯鐺入獄的導火索。
2006年扁尚在任總統時，「台灣紅」公司負責人李慧芬曾爆料指，她的300萬新台幣君悅飯店住宿發票，被堂姐李碧君拿去轉交吳淑珍核銷「國務機要費」，引爆本案。
後來扁在受審時辯稱，用他人發票填數，是因為國務費有些涉及機密，不可能有發票，所以「要想辦法」。此外，扁又爆料稱，這種填數方法，從他任總統以前都在進行，「如果那時就不行，為甚麼審計單位從來沒提醒過？」
捐出數千萬新台幣
事件不但把前總統李登輝也扯進來，最後又從國務費扯到各級首長普遍存在的「特別費」，綠營質疑時任台北市長馬英九涉將特別費公款私用，馬英九一度遭起訴，雖最後獲判無罪，但馬要捐出數千萬新台幣以證清廉。
特別費累及台灣數以千計政治人物遭檢方調查、偵訊、起訴及法庭審理，其中馬英九前秘書長余文還因特別費被判刑。
今年初，台灣立法院通過法律，將特別費除罪化，但並未將國務機要費除罪化，故綠營指摘有關立法是針對陳水扁。
台灣《蘋果日報》