連勝文被槍擊後，當局出動大批警員到場調查，同時更出動刑事局鑑識中心到場，進行槍枝、彈道比對，找出子彈合理的飛行路線，協助釐清案情，作出結論。然而當控方公佈「誤擊」的結論後，各界都列舉疑點，對結論提出質疑。有台灣立委建議成立獨立的法醫部門，以提高台法醫制度的獨立性、公信力。
控方斷言無政治動機
在槍擊案發生後，刑事局鑑識中心主任程曉桂即時率員前往現場，調查採證，同時進行槍枝、彈道比對，利用雷射綠光現場模擬子彈路線，並找到子彈貫穿連勝文臉部後，繼而擊中台下黃運聖的彈道，協助檢方調查。世界著名刑事鑑定專家李昌鈺，在2004年3.19槍擊案發生後，曾以類似方式進行蒐證。
雖然控方以高科技方式重建子彈飛行路線，但各界都質疑調查結果。不接受偵查結果的連勝文，其代表律師昨列舉十大疑點，質疑馬面為人謹慎，案發前曾經試槍、在現場徘徊，事前為何不會調查陳鴻源的長相、身高、背景及現場穿的衣服，更不可能因為陳鴻源與連勝文互換位置而認錯人。原為槍擊目標的陳鴻源也提出質疑，指控方聲稱馬面財政出問題才向其父勒索，但為何他能擁有價值30萬元新台幣（約8萬港元）的德國製手槍？控方為何斷言案件背後沒有幕後主使者或政治動機。
面對民眾對控方的質疑，國民黨籍立委趙麗雲昨呼籲法務部、衞生署、教育部盡速協調，促成設立獨立的法醫部門，以提高台灣法醫制度獨立性、公信力及司法人權形象，並培育優秀法醫人才。
台灣《蘋果日報》/東森新聞