《南方人物周刊》曾刊出不少挑戰中共政治底線的「擦邊」文章。2004年9月甫創刊就搞「影響中國公共知識分子50人」評選，不少異見人士入選，包括賀衛方、茅于軾等，高舉「公共知識分子」旗幟，令中共惱怒。
中宣部一度封禁
去年10月，該刊專訪日本東京都知事（市長）石原慎太郎（圖）。幾十年來中共一直將石原標籤為「反華急先鋒」，但專訪向讀者展示的是一位性格鮮明、率直的日本政壇老人形象，顛覆官方標籤，令內地讀者譁然。
專訪還引述石原表白稱，他並非反華，而是「反對共產黨，反對共產黨的專制與獨裁」，令不少讀者大呼「過癮」。因話題敏感，中宣部下令該期雜誌內容「不許上網」。
去年6月28日，該刊又發表專訪北京上訪戶、政治異見人士倪玉蘭的文章。倪因抗議當局強拆家園，不但失去律師公職，還被打成殘廢及刑事拘留，多年來不斷上訪，組織政治異見活動，要求平反六四，被北京市公安列入「維穩」重點名單。
本報記者