《維特魯威人》（VitruvianMan）
展示人體完美比例，符號學家指按古希臘傳統，圓形代表精神層面，正方形代表物質層面，這畫代表人體是物質和精神的完美結合。數學家指畫中暗含幾何秘密，即如何單以圓規和直尺、畫出同面積圓形和正方形方法。
《最後的晚餐》（TheLastSupper）
丹布朗小說《達文西密碼》指畫中坐在耶穌右邊的使徒男女不分，構圖呈M字，暗示該人是抹大拉馬利亞。有研究員指畫中間的大窗隱含謎題，包含世界末日預言。有人稱用合成鏡像可找到隱藏的騎士和嬰兒圖像。
密碼手稿
法國南特圖書館新發現的達文西手稿，像其他達文西手稿一樣都是倒轉由右至左書寫，要看鏡中倒影才知道內容，而且估計他除了用15世紀意大利文，亦可能加入其他語言寫手稿，研究員仍在解碼中。
《岩間聖母》（VirginoftheRocks）
《達文西密碼》指羅浮宮收藏較早期的版本（左圖），是畫耶穌向施洗約翰祈禱，而瑪利亞似抓着一個無形的頭，天使手勢有割頭隱喻，有否定基督教信仰象徵。教會故再畫現倫敦國家藝術館收藏的版本（右圖）。
